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#1 Le 23/06/2018, à 11:55

sbl_bah

[résolu] Installation R en local

Bonjour,
je cherche à installer en local (~/) car il y a des problèmes de droit d’accès avec le rep /tmp.

J'ai essayé d'installé en local R de la facon suivant

sylvain@sylvain:~/R/R-3.5.0$ ./configure --prefix=$HOME/R --enable-R-shlib

Aprés avoir traité, Il met à la fin le message suivant :

configure: error: --with-readline=yes (default) and headers/libs are not available

après ca, je tente le make

sylvain@sylvain:~/R/R-3.5.0$ make
make: *** Pas de cible spécifiée et aucun makefile n'a été trouvé. Arrêt.

Je ne comprends pas dans mon répertoire il y a bien un makefile

sylvain@sylvain:~/R/R-3.5.0$ ls
ChangeLog     COPYING  Makeconf.in  share         VERSION
config.log    doc      Makefile.fw  src           VERSION-NICK
config.site   etc      Makefile.in  SVN-REVISION
configure     INSTALL  po           tests
configure.ac  m4       README       tools

Auriez vous une idée pour me débloquer ?

Merci, sylvain@

Dernière modification par Sir Na Kraïou (Le 07/03/2019, à 21:38)

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#2 Le 23/06/2018, à 12:04

xubu1957

Re : [résolu] Installation R en local

Bonjour,

Tu as regardé la Doc > r ?

_ _ _

Et cette discussion > https://forum.ubuntu-fr.org/viewtopic.p … #p21805414.

Dernière modification par xubu1957 (Le 23/06/2018, à 12:07)


Conseils pour les nouveaux demandeurs et pas qu'eux
Important : Pensez à passer vos sujets en [Résolu] lorsque ceux-ci le sont, au début du titre en cliquant sur Modifier sous le premier message, et un bref récapitulatif de la solution à la fin de celui-ci. Merci.                   Membre de Linux-Azur

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#3 Le 23/06/2018, à 12:17

sbl_bah

Re : [résolu] Installation R en local

Bonjour,
Tout d'abord, je n'ai pas de problème avec l'installation standard cela fonctionne très bien.

Par contre, mon problème avec une installation standard est le suivant :
j'utilise Rshiny et j'ai une interface. Dans cette interface je dois uploader certain fichier.
Notre ami R va ranger les fichier dans un rep /tmp dont les droit sont limiter.

J'ai essayé de changer les droits en faisant umask 0011 et j'ai lancé R sous root et toujours le problème

Dernière modification par sbl_bah (Le 23/06/2018, à 12:18)

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#4 Le 23/06/2018, à 12:20

sbl_bah

Re : [résolu] Installation R en local

J'essaie donc d'appliquer la doc le r est cela fonctionne pas (du moins je n'y arrive pas).
D'ou mes questions du premier post.


2.1 Simple compilation
First review the essential and useful tools and libraries in Appendix A [Essential and useful
other programs under a Unix-alike], page 39, and install those you want or need. Ensure that
the environment variable TMPDIR is either unset (and /tmp exists and can be written in and
scripts can be executed from) or points to the absolute path to a valid temporary directory (one
from which execution of scripts is allowed) which does not contain spaces. 1
Choose a directory to install the R tree (R is not just a binary, but has additional data
sets, help files, font metrics etc). Let us call this place R HOME. Untar the source code. This
should create directories src, doc, and several more under a top-level directory: change to that
top-level directory (At this point North American readers should consult Section B.3.1 [Setting
paper size], page 50.) Issue the following commands:
./configure
make
(See Section B.5 [Using make], page 51, if your make is not called ‘make’.) Users of Debian-based
64-bit systems 2 may need
./configure LIBnn=lib
make
Then check the bu

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#5 Le 23/06/2018, à 12:22

sbl_bah

Re : [résolu] Installation R en local

Le message d'erreur apres avoir uploder mes fichier sous rshiny sont :

Listening on http://127.0.0.1:7000
Warning in file.rename(from = file.path(subdirName, oldname), to = file.path(subdirName,  :
  impossible de renommer le fichier '/tmp/Rtmp23E9Uo/66ea3dc9c1589b5cc5092a67/0.db/bf' en '/tmp/Rtmp23E9Uo/66ea3dc9c1589b5cc5092a67/0.db/isere_com.dbf', à cause de 'Aucun fichier ou dossier de ce type'
Warning in file.rename(from = file.path(subdirName, oldname), to = file.path(subdirName,  :
  impossible de renommer le fichier '/tmp/Rtmp23E9Uo/66ea3dc9c1589b5cc5092a67/1.sh/hp' en '/tmp/Rtmp23E9Uo/66ea3dc9c1589b5cc5092a67/1.sh/isere_com.shp', à cause de 'Aucun fichier ou dossier de ce type'
Warning in file.rename(from = file.path(subdirName, oldname), to = file.path(subdirName,  :
  impossible de renommer le fichier '/tmp/Rtmp23E9Uo/66ea3dc9c1589b5cc5092a67/2.sh/hx' en '/tmp/Rtmp23E9Uo/66ea3dc9c1589b5cc5092a67/2.sh/isere_com.shx', à cause de 'Aucun fichier ou dossier de ce type'

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#6 Le 23/06/2018, à 12:26

moko138

Re : [résolu] Installation R en local

sbl_bah a écrit :

je n'ai pas de problème avec l'installation standard (...).

Par contre, mon problème avec une installation standard est (...)

???


%NOINDEX%
Un utilitaire précieux : ncdu
Photo, mini-tutoriel :  À la découverte de dcraw

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#7 Le 23/06/2018, à 12:41

sbl_bah

Re : [résolu] Installation R en local

Oups... par contre, mon problème avec une installation non standard est (...)

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#8 Le 23/06/2018, à 12:53

xubu1957

Re : [résolu] Installation R en local


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#9 Le 23/06/2018, à 17:00

sbl_bah

Re : [résolu] Installation R en local

Question, je ne pense pas que cela puisse résoudre mon problème.

Pour revenir à mon post initial pourquoi le make ne fonctionne pas après ./configure??

merci

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#10 Le 23/06/2018, à 17:22

moko138

Re : [résolu] Installation R en local

Que donne

dpkg -l | grep -E "build-essential|fakeroot|checkinstall|gcc"

?
As-tu lu la Doc https://doc.ubuntu-fr.org/tutoriel/compilation ?
Si oui, l'as-tu appliquée ?


%NOINDEX%
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#11 Le 23/06/2018, à 18:11

sbl_bah

Re : [résolu] Installation R en local

Voila le résultat

sylvain@sylvain:~$ dpkg -l | grep -E "build-essential|fakeroot|checkinstall|gcc"ii  build-essential                            12.4ubuntu1                         amd64        Informational list of build-essential packages
ii  fakeroot                                   1.22-2ubuntu1                       amd64        tool for simulating superuser privileges
ii  gcc                                        4:7.3.0-3ubuntu2                    amd64        GNU C compiler
ii  gcc-7                                      7.3.0-16ubuntu3                     amd64        GNU C compiler
ii  gcc-7-base:amd64                           7.3.0-16ubuntu3                     amd64        GCC, the GNU Compiler Collection (base package)
ii  gcc-8-base:amd64                           8-20180414-1ubuntu2                 amd64        GCC, the GNU Compiler Collection (base package)
ii  libcaca0:amd64                             0.99.beta19-2build2~gcc5.3          amd64        colour ASCII art library
ii  libfakeroot:amd64                          1.22-2ubuntu1                       amd64        tool for simulating superuser privileges - shared libraries
ii  libgcc-7-dev:amd64                         7.3.0-16ubuntu3                     amd64        GCC support library (development files)
ii  libgcc1:amd64                              1:8-20180414-1ubuntu2               amd64        GCC support library

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#12 Le 23/06/2018, à 18:46

sbl_bah

Re : [résolu] Installation R en local

J'ai fait la commande

~/.configure

Ci-dessous le résultat

R is now configured for x86_64-pc-linux-gnu

  Source directory:          .
  Installation directory:    /home/sylvain/R

  C compiler:                gcc  -g -O2
  Fortran 77 compiler:       f95  -g -O2

  Default C++ compiler:      g++   -g -O2
  C++98 compiler:            g++ -std=gnu++98 -g -O2
  C++11 compiler:            g++ -std=gnu++11 -g -O2
  C++14 compiler:            g++ -std=gnu++14 -g -O2
  C++17 compiler:            g++ -std=gnu++17 -g -O2
  Fortran 90/95 compiler:    gfortran -g -O2
  Obj-C compiler:	     gcc -g -O2 -fobjc-exceptions

  Interfaces supported:      X11
  External libraries:        readline, curl
  Additional capabilities:   PNG, JPEG, TIFF, NLS, ICU
  Options enabled:           shared R library, shared BLAS, R profiling

  Capabilities skipped:      cairo
  Options not enabled:       memory profiling

  Recommended packages:      yes

configure: WARNING: you cannot build info or HTML versions of the R manuals
configure: WARNING: you cannot build PDF versions of the R manuals
configure: WARNING: you cannot build PDF versions of vignettes and help pages

Je vois que R va etre installé en local, je pense que cela doit répondre à mon besoin. R en local.
A suivre

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#13 Le 23/06/2018, à 19:25

sbl_bah

Re : [résolu] Installation R en local

bon voila j'ai fait

make && make install

Tout s'est bien passé mais quand je souhaite lancer R via le terminal s'il me demande

sylvain@sylvain:~$ R

La commande « R » n'a pas été trouvée, mais peut être installée avec :

sudo apt install r-base-core

Je suis perdu help me !

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#14 Le 23/06/2018, à 19:29

sbl_bah

Re : [résolu] Installation R en local

de plus, je viens de me rendre compte que lors de l'installation il fait toujours référence au repertoire

/usr/tmp/

ou Rshiny uploadera toujours dans ce repertoire qui n'a pas suffisamment de droit.

Help me!

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#15 Le 23/06/2018, à 19:32

xubu1957

Re : [résolu] Installation R en local

Et en lançant :

sudo apt install r-base-core

Conseils pour les nouveaux demandeurs et pas qu'eux
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#16 Le 23/06/2018, à 21:35

sbl_bah

Re : [résolu] Installation R en local

j'ai fait

sudo apt install r-base-core

j'ai lance apres l'installation rstudio (interface graphique)
je veux installer des packages via rstudio et ca ne fonctionne pas
la j'ai tout enlevé

retour à zéro

je n'y arrive pas...

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#17 Le 23/06/2018, à 21:53

sbl_bah

Re : [résolu] Installation R en local

me revoila avec le même probleme

Warning in file.rename(from = file.path(subdirName, oldname), to = file.path(subdirName,  :
  impossible de renommer le fichier '/tmp/RtmpK2em6A/354ead12a508cfe8375fde05/0.db/bf' en '/tmp/RtmpK2em6A/354ead12a508cfe8375fde05/0.db/isere_com.dbf', à cause de 'Aucun fichier ou dossier de ce type'
Warning in file.rename(from = file.path(subdirName, oldname), to = file.path(subdirName,  :
  impossible de renommer le fichier '/tmp/RtmpK2em6A/354ead12a508cfe8375fde05/1.sh/hp' en '/tmp/RtmpK2em6A/354ead12a508cfe8375fde05/1.sh/isere_com.shp', à cause de 'Aucun fichier ou dossier de ce type'
Warning in file.rename(from = file.path(subdirName, oldname), to = file.path(subdirName,  :
  impossible de renommer le fichier '/tmp/RtmpK2em6A/354ead12a508cfe8375fde05/2.sh/hx' en '/tmp/RtmpK2em6A/354ead12a508cfe8375fde05/2.sh/isere_com.shx', à cause de 'Aucun fichier ou dossier de ce type'

Dernière modification par sbl_bah (Le 24/06/2018, à 05:28)

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#18 Le 24/06/2018, à 04:21

moko138

Re : [résolu] Installation R en local

Montre

cat ~/R/R-3.5.0/README

Et bises à Tara, sbl_bah !


%NOINDEX%
Un utilitaire précieux : ncdu
Photo, mini-tutoriel :  À la découverte de dcraw

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#19 Le 24/06/2018, à 05:28

sbl_bah

Re : [résolu] Installation R en local

sylvain@sylvain:~/R/R-3.5.0$ cat README

			THE BASIC R README


	   (See "doc/FAQ" and "doc/RESOURCES" for more detailed information
				      - these files are only in the tarballs)
	   (See "INSTALL"             for help on installation)

1. INTRODUCTION

This directory contains the source code tree for R, which is a
language which is not entirely unlike (versions 3 and 4 of) the S
language developed at AT&T Bell Laboratories by Rick Becker, John
Chambers and Allan Wilks.

R is free software distributed under a GNU-style copyleft.

The core of R is an interpreted computer language with a syntax
superficially similar to C, but which is actually a "functional
programming language" with capabilities similar to Scheme.  The
language allows branching and looping as well as modular programming
using functions.  Most of the user-visible functions in R are written
in R, calling upon a smaller set of internal primitives.  It is
possible for the user to interface to procedures written in C or
Fortran languages for efficiency, and also to write additional
primitives.

The R distribution contains functionality for a large number of
statistical procedures.  Among these are: linear and generalized
linear models, nonlinear regression models, time series analysis,
classical parametric and nonparametric tests, clustering and
smoothing.  There is also a large set of functions which provide a
flexible graphical environment for creating various kinds of data
presentations.

A package specification allows the production of loadable modules for
specific purposes, and several thousand contributed packages are made
available through the CRAN sites (see
https://CRAN.R-project.org/mirrors.html for the current members).


2. HISTORY

R was initially written by Robert Gentleman and Ross Ihaka of the
Statistics Department of the University of Auckland.  In addition, a
large group of individuals has contributed to R by sending code and bug
reports.

Since mid-1997 there has been a core group who can modify the R source
code archive, listed in file doc/AUTHORS.

R 1.0.0 was released on 29 February 2000 and 2.0.0 on 4 October 2004.
R 3.0.0 came out on 3 April 2013.

This file has been minimally revised since the release of R 1.0.0.

3. PRESENT STATUS

The present version implements most of the functionality in the 1988
book "The New S Language" (the "Blue Book") and many of the
applications.  In addition, we have implemented a large part of the
functionality from the 1992 book "Statistical Models in S" (the "White
Book") and the 1998 book "Programming with Data" (the "Green Book").

All the R functions have been documented in the form of help pages in
an "output independent" form which can be used to create versions for
HTML, PDF, text etc.  A 1900+ page Reference Index (a collection of
most of the help pages: there is also a 3300+ page version with all
the help pages, including recommended packages) can be obtained in
PDF.  The manual `An Introduction to R' provides a more user-friendly
starting point, and there is an FAQ, a draft `R Language Definition'
manual and more specialized manuals on admininstration, data
import/export and extending R.  See INSTALL for instructions on how to
generate these documents.


4. GOALS

Our aim at the start of this project was to demonstrate that it was
possible to produce an S-like environment which did not suffer from
the memory-demands and performance problems which S has.  Somewhat
later, we started to turn R into a "real" system, but unfortunately we
lost a large part of the efficiency advantage in the process, so have
revised the memory management mechanism and implemented delayed
loading of R objects.  A lot of performance tuning has been done,
including the ability to use tuned linear-algebra libraries.

Longer-term goals include to explore new ideas: e.g. virtual objects
and component-based programming, and expanding the scope of existing
ones like formula-based interfaces.  Further, we wish to get a handle
on a general approach to graphical user interfaces (preferably with
cross-platform portability), and to develop better 3-D and dynamic
graphics.


Sincerely,
The R Core Team.

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#20 Le 24/06/2018, à 05:32

sbl_bah

Re : [résolu] Installation R en local

moko138 a écrit :

Montre
Et bises à Tara, sbl_bah !

on se connait, non!
une contrepétrie, probable, ...bises à...

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#21 Le 24/06/2018, à 05:59

sbl_bah

Re : [résolu] Installation R en local

la variable d'environnement que je veux changer est

Sys.getenv(x = NULL, unset = "", names = NA)
R_SESSION_TMPDIR                 /tmp/Rtmpc5g8Da

Est-ce que je peux changer cette variable d’environnement avec le nouveau chemin, par exemple

~/temp

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#22 Le 24/06/2018, à 06:07

xubu1957

Re : [résolu] Installation R en local

Bonjour,

Tu avais vu le forum > forums.cirad.fr/logiciel-r ?


Conseils pour les nouveaux demandeurs et pas qu'eux
Important : Pensez à passer vos sujets en [Résolu] lorsque ceux-ci le sont, au début du titre en cliquant sur Modifier sous le premier message, et un bref récapitulatif de la solution à la fin de celui-ci. Merci.                   Membre de Linux-Azur

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#23 Le 24/06/2018, à 06:11

sbl_bah

Re : [résolu] Installation R en local

non!
savez vous m'aider sur mon précédent post?

Hors ligne

#24 Le 24/06/2018, à 07:25

sbl_bah

Re : [résolu] Installation R en local

Ma solution se trouve ICI

merci encore pour le support

sylvain@...

Hors ligne

#25 Le 15/11/2018, à 12:07

xubu1957

Re : [résolu] Installation R en local

Bonjour,

Pour éditer ta discussion et rajouter [Résolu] au début du titre, il faut utiliser le bouton Modifier au bas de ton premier message.

Merci wink


Conseils pour les nouveaux demandeurs et pas qu'eux
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