Big data - transfert de données

nam1962 · Le 06/11/2015, à 16:42

Un spermatozoïde contient 37.5 MB de données ADN. Ce qui implique qu'une éjaculation moyenne représente un transfert de 1587GB en 3 secondes.

bruno · Le 07/11/2015, à 08:56

Tant qu'à faire une blague, autant donner les vrais chiffres.

Le génome humain représente 3,2 Gbits, soit 400 Mo (ou MB en notation anglo-saxonne), de données (3,2 milliards de paires de bases).

S'il te faut seulement 3 secondes pour avoir une éjaculation , c'est probablement assez décevant pour tes partenaires sexuels

Dernière modification par bruno (Le 07/11/2015, à 09:01)

Fly0s · Le 07/11/2015, à 09:38

Hm, s'il y a 3.2 milliards de paires de base, sachant qu'il faut 2 bits pour coder une base (4 nucléotides), ça devrait plutôt faire 6.4Gbits, non ?

bruno · Le 07/11/2015, à 10:33

Oui, ta remarque est tout à fait juste, mais un spermatozoïde est une cellule haploïde.

Fly0s · Le 07/11/2015, à 10:42

Ben, oui, donc elle contient bien 1 copie du génome, soit 3.2Gbp (Giga base pair), donc 6.4Gbits d'information.

bruno · Le 07/11/2015, à 11:43

Non, logiquement le génome humain est décompté sur l'ensemble des chromosomes des cellules diploïdes. Une gamète contient la moitié du génome humain.

Dernière modification par bruno (Le 07/11/2015, à 11:44)

Fly0s · Le 07/11/2015, à 11:55

À la base, c'était juste une pique, désolé qu'on s’enfonce...

Non, la taille d'un génome n'est calculé que pour une copie. D'ailleurs, la page Wikipédia que tu as cité en premier le précise bien :

Wikipédia a écrit :

Ainsi chaque cellule humaine contient 2 mètres d'ADN environ, correspondant dans les cellules diploïdes à 6,4 milliards de paires de nucléotides.

Un spermatozoïde ne contient pas la moitié du génome, c'est les cellules somatiques qui en contient deux copies (d'où "diploïde"). En biologie, quand on donne une taille de génome, c'est toujours calculé sur une seule copie (quelque part c'est logique, c'est la vraie quantité invariante d'information).

MrKebi · Le 07/11/2015, à 12:32

Plus que la quantité de données stockable, ce qui est intéressant c'est la fiabilité du support ...

Dernière modification par MrKebi (Le 07/11/2015, à 12:33)

Fly0s · Le 07/11/2015, à 12:34

Tu veux dire la fidélité de reproduction ?

MrKebi · Le 07/11/2015, à 12:42

Si on se sert d'ADN comme support de données, oui du coups : avec les machineries moléculaires qui va avec, c'est quand même une molécule qui réellement durable et intéressante pour stocker des données (réparations relativement fidèles selon les espèces, très faible taux d'erreurs lors de la réplication, utile si l'on veut copier sa vidéothèque ou ses documents banquaires sans rien perdre ).

Fly0s · Le 07/11/2015, à 12:47

(C'était plus pour la blague sur la "fidelité", spermatozoïde, tout ça...)

Ceci dit, j'ai toujours eu du mal avec cette idée de stockage des données avec l'ADN. Pour bosser dessus, c'est quand même hyper facile de se retrouver avec de l'ADN dégradé... Ce qui fait la stabilité de l'ADN, c'est pas tant la molécule elle-même que toute la machinerie cellulaire de réparation autour.

Le principal moteur de l'évolution, c'est quand même justement que l'ADN n'est pas un support ultra-fidèle de l'information.

MrKebi · Le 07/11/2015, à 13:12

Je pensais avoir les idées mal placées, mais non en fait j'avais bien compris le sens de ta blague donc ...

C'est hyperfacile à dégrader : oui ... et non. Y a plusieurs paramètres en prendre en compte (mais visiblement je ne t'apprends rien). En comparaison d'un support de données "classique" ça ne me parait pas si fragile que ça.

Ça a l'avantage pour moi d'être facilement et fidèlement réplicable.

Pour l'évolution, ça dépend de quelles espèces on parle : bactéries, levures, ou humain. Effectivement selon l'espèce et le type d'ADN, la fiabilité ne sera pas la même. Et ça ne se fait pas en un jour si on ne joue pas avec certains joujous.

Dernière modification par MrKebi (Le 07/11/2015, à 13:17)

bruno · Le 07/11/2015, à 13:13

Fly0s a écrit :

À la base, c'était juste une pique, désolé qu'on s’enfonce...
Non, la taille d'un génome n'est calculé que pour une copie. D'ailleurs, la page Wikipédia que tu as cité en premier le précise bien :
Wikipédia a écrit :
Ainsi chaque cellule humaine contient 2 mètres d'ADN environ, correspondant dans les cellules diploïdes à 6,4 milliards de paires de nucléotides.
Un spermatozoïde ne contient pas la moitié du génome, c'est les cellules somatiques qui en contient deux copies (d'où "diploïde"). En biologie, quand on donne une taille de génome, c'est toujours calculé sur une seule copie (quelque part c'est logique, c'est la vraie quantité invariante d'information).

Mes souvenir de génétiques sont très lointains…
Mais cela me semble curieux dans la mesure où le génome est défini comme l'ensemble du matériel génétique d'un individu ou d'une espèce, et que dans le cas d'un organisme diploïde(1) chaque gène est susceptible de s'exprimer. Pour un humain les gamètes ne contiennent que 23 chromosomes, soit la moitié du matériel génétique d'un individu (46 chromosomes).

(1) Une cellule diploïde ne contient pas « deux copies » mais une moitié de matériel génétique issu du père te un autre moitié issue de la mère.

Fly0s · Le 07/11/2015, à 13:47

@Blabladodo
Je connais pas bien la fidélité des supports "classiques", mais le tout petit nombre de fichiers corrompus que j'ai connu me fait penser qu'elle est déjà bien bien forte non ? Pour moi, le seul intérêt de l'ADN comme support de données actuellement, c'était son caractère compact, non ?

@bruno
Une cellule diploïde contient bien deux copies homologues du génome (plus précisément une copie homologue de chaque autosome). Une copie vient effectivement du père et l'autre de la mère. Ces deux copies sont globalement identiques en composition génique. Bien sûr, ces histoires de taille de génome sont des simplifications, en réalité, des insertions/délétions et la composition en allosomes (X ou Y) font varier cette taille.

nam1962 · Le 07/11/2015, à 13:52

bruno a écrit :

Tant qu'à faire une blague, autant donner les vrais chiffres.
Le génome humain représente 3,2 Gbits, soit 400 Mo (ou MB en notation anglo-saxonne), de données (3,2 milliards de paires de bases).

S'il te faut seulement 3 secondes pour avoir une éjaculation , c'est probablement assez décevant pour tes partenaires sexuels

...en fait l'info me fut donnée lors d'un dîner, du coup je suis mon propre fil avec intérêt puisque l'information est largement analysée et complétée !
Pour les 3 secondes, ce n'est pas l'acte mais la durée efficace de transmission de données (en dehors des excipients )

MrKebi · Le 07/11/2015, à 14:58

Pour des eucaryotes supérieurs (humain par exemple), avec les machineries moléculaires qui vont bien, et sans jouer en conditions mutagènes, il y a environ une erreur pour 10⁹ bases répliquées.

C'est quand même, assez fiable je trouve (en tout cas dans le monde vivant c'est ce qui se fait de plus fiable il me semble). Mais c'est vrai que je manque de comparaison par rapport aux "supports classiques" utilisés habituellement/actuellement pour le stockage de données, je me suis peut-être un peu vite avancé ...

Le caractère compact est également super intéressant, ça me parait difficile de faire mieux, même avec tous les progrès en électroniques de ces dernières années!

Dernière modification par MrKebi (Le 07/11/2015, à 15:00)

Nasman · Le 09/11/2015, à 16:39

La difficulté sera de coder un DVD avec de l'adn - et de trouver un décodeur (deuse)

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