#1 Le 09/11/2023, à 15:06
- viviane2023
compter le nombre de reads (sans doublons) qui s'aligne par virus
Bonjour,
Je souhaite déterminer le nombre de reads (sans doublons) qui s'aligne par virus dans mon échantillon à partir du résultat d'un minimap2 en fichier bam.
Est ce que quelqu'un a de l'expérience en analyse de données NGS et sait comment s'y prendre?
En utilisant la commande : samtools view -f 2 ech22ReadsViralSorted.bam je réussi à voir les alignements mais je ne sais pas comment traiter le fichier ech22ReadsViralSorted.bam
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#2 Le 09/11/2023, à 15:19
- Watael
Re : compter le nombre de reads (sans doublons) qui s'aligne par virus
Échec d’authentification par identifiant et mot de passe.
Connected \o/
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#3 Le 10/11/2023, à 08:10
- viviane2023
Re : compter le nombre de reads (sans doublons) qui s'aligne par virus
est ce que là c'est mieux ech22ReadsViralSorted
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#4 Le 11/11/2023, à 14:04
- gl38
Re : compter le nombre de reads (sans doublons) qui s'aligne par virus
Bonjour,
Oui ça marche, enfin google râle comme quoi il ne peut pas passer l'antivirus !!
Mais on peut télécharger le fichier.
Après je n'y connais rien en analyse de données et en virus.
Ta commande donne un fichier texte qu'on peut enregistrer
samtools view -f 2 ech22ReadsViralSorted.bam >sortie.csvOn peut alors lire le fichier avec libreoffice, la colonne B contient les noms des virus et si on trie le fichier suivant cette colonne, on a facilement les occurrences de chaque virus.
Les 83 302 lignes sont toutes différentes, mais cela suffit-il pour dire qu'il n'y a pas de doublons ?
Cordialement,
Guy
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