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gnemod

Pb compilation package odesolve de R

Bonjour,

Je cherche à installer le package odesolve du logiciel de statistique R sous Ubuntu Linux.
C'est un package qui contient des fonctions appelant du code en Fortran.
A l'installation sous R via le shell, j'obtiens l'erreur suivante:

ghislain@ghislain-laptop:~$ sudo R
[sudo] password for ghislain:

R version 2.6.2 (2008-02-08)
Copyright (C) 2008 The R Foundation for Statistical Computing
ISBN 3-900051-07-0

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Tapez 'demo()' pour des démonstrations, 'help()' pour l'aide
en ligne ou 'help.start()' pour obtenir l'aide au format HTML.
Tapez 'q()' pour quitter R.

> install.packages()
--- SVP sélectionner un miroir CRAN pour cette session ---
Chargement de Tcl/Tk... terminé
Avis dans install.packages() :
l'argument 'lib' manque : '/home/ghislain/R/i486-pc-linux-gnu-library/2.6' est utilisé
essai de l'URL 'http://cran.univ-lyon1.fr/src/contrib/odesolve_0.5-19.tar.gz'
Content type 'application/x-tar' length 73092 bytes (71 Kb)
URL ouverte
==================================================
downloaded 71 Kb

* Installing *source* package 'odesolve' ...
** libs
gfortran -fpic -g -O2 -c bnorm.f -o bnorm.o
gcc -std=gnu99 -I/usr/share/R/include -I/usr/share/R/include -fpic -g -O2 -c call_lsoda.c -o call_lsoda.o
call_lsoda.c: In function «call_lsoda":
call_lsoda.c:109: attention : passing argument 1 of «initializer" from incompatible pointer type
gfortran -fpic -g -O2 -c cfode.f -o cfode.o
gfortran -fpic -g -O2 -c dgbfa.f -o dgbfa.o
gfortran -fpic -g -O2 -c dgbsl.f -o dgbsl.o
gfortran -fpic -g -O2 -c dgefa.f -o dgefa.o
gfortran -fpic -g -O2 -c dgesl.f -o dgesl.o
gfortran -fpic -g -O2 -c ewset.f -o ewset.o
gfortran -fpic -g -O2 -c fdump.f -o fdump.o
gfortran -fpic -g -O2 -c fnorm.f -o fnorm.o
gfortran -fpic -g -O2 -c i1mach.f -o i1mach.o
gfortran -fpic -g -O2 -c intdy.f -o intdy.o
gfortran -fpic -g -O2 -c j4save.f -o j4save.o
gfortran -fpic -g -O2 -c lsoda.f -o lsoda.o
gcc -std=gnu99 -I/usr/share/R/include -I/usr/share/R/include -fpic -g -O2 -c odesolve_utils.c -o odesolve_utils.o
gfortran -fpic -g -O2 -c prja.f -o prja.o
gfortran -fpic -g -O2 -c solsy.f -o solsy.o
gfortran -fpic -g -O2 -c stoda.f -o stoda.o
gfortran -fpic -g -O2 -c vmnorm.f -o vmnorm.o
gcc -std=gnu99 -shared -o odesolve.so bnorm.o call_lsoda.o cfode.o dgbfa.o dgbsl.o dgefa.o dgesl.o ewset.o fdump.o fnorm.o i1mach.o intdy.o j4save.o lsoda.o odesolve_utils.o prja.o solsy.o stoda.o vmnorm.o -lblas -L/usr/lib/gcc/i486-linux-gnu/4.2 -lgfortran -lm -lgcc_s -L/usr/lib/gcc/i486-linux-gnu/4.2 -lgfortran -lm -lgcc_s -L/usr/lib/R/lib -lR
/usr/bin/ld: cannot find -lblas
collect2: ld a retourné 1 code d'état d'exécution
make: *** [odesolve.so] Erreur 1
ERROR: compilation failed for package 'odesolve'
** Removing '/home/ghislain/R/i486-pc-linux-gnu-library/2.6/odesolve'

Les packages téléchargés sont dans
/tmp/Rtmp0zyelI/downloaded_packages
Warning message:
In install.packages() :
l'installation du package 'odesolve' a eu un statut de sortie non nul
>

J'ai essayé de trouver un programme qui s'appelait lblas sous synaptic sans succès. Auriez-vous une solution à mon problème ?
Merci de votre aide.

---

                                    ,_
"Hô mon batoOroÔ!"  >' )
- Cuic!                         ( ( \
                                    " ''|\

Tom_L

Re : Pb compilation package odesolve de R

Salut,

En fait il ne faut pas rechercher lblas mais libblas. Le "l" est en fait le raccourci de "lib". Comme tu veux compiler, il faut que tu installes le paquet de developpement. Fais une recherche dans synaptic de libblas-dev , ca devrait le faire...

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Thomas.

anthon

Re : Pb compilation package odesolve de R

je crois que le paquet c'est plutot refblas3-dev