[Résolu] Echec d'installation de modules python

Benjamin82 · Le 08/07/2015, à 14:29

Bonjour à tous,

je suis un débutant avec les systèmes linux et je rencontre un problème. Je suis sous Debian 8, je sais que le forum est pour ubuntu, mais je n'ai pas encore de mot de passe pour poster sur le forum Debian.

A l'installation de Debian 8 (sur partition), Python 2.7 est déjà installé (cf dans le synaptic par exemple).
Je souhaite installer le module scipy pour Python (module numpy déjà installé par défaut).
1er échec (cf http://www.scipy.org/install.html) :

root@PC-LATITUDE:~# apt-get install python-scipy
Lecture des listes de paquets... Fait
Construction de l'arbre des dépendances       
Lecture des informations d'état... Fait
E: Impossible de trouver le paquet python-scipy

J'installe alors l'utilitaire pip de python pour télécharger scipy puis l'installer (cf https://www.google.fr/url?sa=t&rct=j&q= … 9H85hFDrg).
installation de pip :

root@PC-LATITUDE:~# python "/home/bpiton/Téléchargements/get-pip.py" 
Requirement already up-to-date: pip in /usr/local/lib/python2.7/dist-packages

Je tente d'installer scipy via pip (cf https://pip.pypa.io/en/latest/user_guide.html). J'obtiens alors l'ensemble d'erreur suivante (que je reconnais ne pas comprendre dans son intégralité):

root@PC-LATITUDE:~# pip install scipy
Collecting scipy
  Using cached scipy-0.15.1.tar.gz
Building wheels for collected packages: scipy
  Running setup.py bdist_wheel for scipy
  Complete output from command /usr/bin/python -c "import setuptools;__file__='/tmp/pip-build-RdpUEf/scipy/setup.py';exec(compile(open(__file__).read().replace('\r\n', '\n'), __file__, 'exec'))" bdist_wheel -d /tmp/tmph26J27pip-wheel-:
  lapack_opt_info:
  openblas_info:
    libraries  not found in ['/usr/local/lib', '/usr/lib', '/usr/lib/i386-linux-gnu']
    NOT AVAILABLE
  
  lapack_mkl_info:
  mkl_info:
    libraries mkl,vml,guide not found in ['/usr/local/lib', '/usr/lib', '/usr/lib/i386-linux-gnu']
    NOT AVAILABLE
  
    NOT AVAILABLE
  
  atlas_threads_info:
  Setting PTATLAS=ATLAS
    libraries ptf77blas,ptcblas,atlas not found in /usr/local/lib
    libraries lapack_atlas not found in /usr/local/lib
    libraries ptf77blas,ptcblas,atlas not found in /usr/lib/sse2
    libraries lapack_atlas not found in /usr/lib/sse2
    libraries ptf77blas,ptcblas,atlas not found in /usr/lib
    libraries lapack_atlas not found in /usr/lib
    libraries ptf77blas,ptcblas,atlas not found in /usr/lib/i386-linux-gnu/sse2
    libraries lapack_atlas not found in /usr/lib/i386-linux-gnu/sse2
    libraries ptf77blas,ptcblas,atlas not found in /usr/lib/i386-linux-gnu
    libraries lapack_atlas not found in /usr/lib/i386-linux-gnu
  numpy.distutils.system_info.atlas_threads_info
    NOT AVAILABLE
  
  atlas_info:
    libraries f77blas,cblas,atlas not found in /usr/local/lib
    libraries lapack_atlas not found in /usr/local/lib
    libraries f77blas,cblas,atlas not found in /usr/lib/sse2
    libraries lapack_atlas not found in /usr/lib/sse2
    libraries f77blas,cblas,atlas not found in /usr/lib
    libraries lapack_atlas not found in /usr/lib
    libraries f77blas,cblas,atlas not found in /usr/lib/i386-linux-gnu/sse2
    libraries lapack_atlas not found in /usr/lib/i386-linux-gnu/sse2
    libraries f77blas,cblas,atlas not found in /usr/lib/i386-linux-gnu
    libraries lapack_atlas not found in /usr/lib/i386-linux-gnu
  numpy.distutils.system_info.atlas_info
    NOT AVAILABLE
  
  /usr/lib/python2.7/dist-packages/numpy/distutils/system_info.py:1427: UserWarning:
      Atlas ([url]http://math-atlas.sourceforge.net/[/url]) libraries not found.
      Directories to search for the libraries can be specified in the
      numpy/distutils/site.cfg file (section [atlas]) or by setting
      the ATLAS environment variable.
    warnings.warn(AtlasNotFoundError.__doc__)
  lapack_info:
    libraries lapack not found in ['/usr/local/lib', '/usr/lib', '/usr/lib/i386-linux-gnu']
    NOT AVAILABLE
  
  /usr/lib/python2.7/dist-packages/numpy/distutils/system_info.py:1438: UserWarning:
      Lapack ([url]http://www.netlib.org/lapack/[/url]) libraries not found.
      Directories to search for the libraries can be specified in the
      numpy/distutils/site.cfg file (section [lapack]) or by setting
      the LAPACK environment variable.
    warnings.warn(LapackNotFoundError.__doc__)
  lapack_src_info:
    NOT AVAILABLE
  
  /usr/lib/python2.7/dist-packages/numpy/distutils/system_info.py:1441: UserWarning:
      Lapack ([url]http://www.netlib.org/lapack/[/url]) sources not found.
      Directories to search for the sources can be specified in the
      numpy/distutils/site.cfg file (section [lapack_src]) or by setting
      the LAPACK_SRC environment variable.
    warnings.warn(LapackSrcNotFoundError.__doc__)
    NOT AVAILABLE
  
  Running from scipy source directory.
  Traceback (most recent call last):
    File "<string>", line 1, in <module>
    File "/tmp/pip-build-RdpUEf/scipy/setup.py", line 249, in <module>
      setup_package()
    File "/tmp/pip-build-RdpUEf/scipy/setup.py", line 246, in setup_package
      setup(**metadata)
    File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/numpy/distutils/core.py", line 135, in setup
      config = configuration()
    File "/tmp/pip-build-RdpUEf/scipy/setup.py", line 173, in configuration
      config.add_subpackage('scipy')
    File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/numpy/distutils/misc_util.py", line 966, in add_subpackage
      caller_level = 2)
    File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/numpy/distutils/misc_util.py", line 935, in get_subpackage
      caller_level = caller_level + 1)
    File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/numpy/distutils/misc_util.py", line 872, in _get_configuration_from_setup_py
      config = setup_module.configuration(*args)
    File "scipy/setup.py", line 16, in configuration
      config.add_subpackage('linalg')
    File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/numpy/distutils/misc_util.py", line 966, in add_subpackage
      caller_level = 2)
    File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/numpy/distutils/misc_util.py", line 935, in get_subpackage
      caller_level = caller_level + 1)
    File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/numpy/distutils/misc_util.py", line 872, in _get_configuration_from_setup_py
      config = setup_module.configuration(*args)
    File "scipy/linalg/setup.py", line 18, in configuration
      raise NotFoundError('no lapack/blas resources found')
  numpy.distutils.system_info.NotFoundError: no lapack/blas resources found
  
  ----------------------------------------
  Failed building wheel for scipy
Failed to build scipy
Installing collected packages: scipy
  Running setup.py install for scipy
    Complete output from command /usr/bin/python -c "import setuptools, tokenize;__file__='/tmp/pip-build-RdpUEf/scipy/setup.py';exec(compile(getattr(tokenize, 'open', open)(__file__).read().replace('\r\n', '\n'), __file__, 'exec'))" install --record /tmp/pip-6xtsW3-record/install-record.txt --single-version-externally-managed --compile:
    lapack_opt_info:
    openblas_info:
      libraries  not found in ['/usr/local/lib', '/usr/lib', '/usr/lib/i386-linux-gnu']
      NOT AVAILABLE
    
    lapack_mkl_info:
    mkl_info:
      libraries mkl,vml,guide not found in ['/usr/local/lib', '/usr/lib', '/usr/lib/i386-linux-gnu']
      NOT AVAILABLE
    
      NOT AVAILABLE
    
    atlas_threads_info:
    Setting PTATLAS=ATLAS
      libraries ptf77blas,ptcblas,atlas not found in /usr/local/lib
      libraries lapack_atlas not found in /usr/local/lib
      libraries ptf77blas,ptcblas,atlas not found in /usr/lib/sse2
      libraries lapack_atlas not found in /usr/lib/sse2
      libraries ptf77blas,ptcblas,atlas not found in /usr/lib
      libraries lapack_atlas not found in /usr/lib
      libraries ptf77blas,ptcblas,atlas not found in /usr/lib/i386-linux-gnu/sse2
      libraries lapack_atlas not found in /usr/lib/i386-linux-gnu/sse2
      libraries ptf77blas,ptcblas,atlas not found in /usr/lib/i386-linux-gnu
      libraries lapack_atlas not found in /usr/lib/i386-linux-gnu
    numpy.distutils.system_info.atlas_threads_info
      NOT AVAILABLE
    
    atlas_info:
      libraries f77blas,cblas,atlas not found in /usr/local/lib
      libraries lapack_atlas not found in /usr/local/lib
      libraries f77blas,cblas,atlas not found in /usr/lib/sse2
      libraries lapack_atlas not found in /usr/lib/sse2
      libraries f77blas,cblas,atlas not found in /usr/lib
      libraries lapack_atlas not found in /usr/lib
      libraries f77blas,cblas,atlas not found in /usr/lib/i386-linux-gnu/sse2
      libraries lapack_atlas not found in /usr/lib/i386-linux-gnu/sse2
      libraries f77blas,cblas,atlas not found in /usr/lib/i386-linux-gnu
      libraries lapack_atlas not found in /usr/lib/i386-linux-gnu
    numpy.distutils.system_info.atlas_info
      NOT AVAILABLE
    
    /usr/lib/python2.7/dist-packages/numpy/distutils/system_info.py:1427: UserWarning:
        Atlas ([url]http://math-atlas.sourceforge.net/[/url]) libraries not found.
        Directories to search for the libraries can be specified in the
        numpy/distutils/site.cfg file (section [atlas]) or by setting
        the ATLAS environment variable.
      warnings.warn(AtlasNotFoundError.__doc__)
    lapack_info:
      libraries lapack not found in ['/usr/local/lib', '/usr/lib', '/usr/lib/i386-linux-gnu']
      NOT AVAILABLE
    
    /usr/lib/python2.7/dist-packages/numpy/distutils/system_info.py:1438: UserWarning:
        Lapack ([url]http://www.netlib.org/lapack/[/url]) libraries not found.
        Directories to search for the libraries can be specified in the
        numpy/distutils/site.cfg file (section [lapack]) or by setting
        the LAPACK environment variable.
      warnings.warn(LapackNotFoundError.__doc__)
    lapack_src_info:
      NOT AVAILABLE
    
    /usr/lib/python2.7/dist-packages/numpy/distutils/system_info.py:1441: UserWarning:
        Lapack ([url]http://www.netlib.org/lapack/[/url]) sources not found.
        Directories to search for the sources can be specified in the
        numpy/distutils/site.cfg file (section [lapack_src]) or by setting
        the LAPACK_SRC environment variable.
      warnings.warn(LapackSrcNotFoundError.__doc__)
      NOT AVAILABLE
    
    Running from scipy source directory.
    Traceback (most recent call last):
      File "<string>", line 1, in <module>
      File "/tmp/pip-build-RdpUEf/scipy/setup.py", line 249, in <module>
        setup_package()
      File "/tmp/pip-build-RdpUEf/scipy/setup.py", line 246, in setup_package
        setup(**metadata)
      File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/numpy/distutils/core.py", line 135, in setup
        config = configuration()
      File "/tmp/pip-build-RdpUEf/scipy/setup.py", line 173, in configuration
        config.add_subpackage('scipy')
      File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/numpy/distutils/misc_util.py", line 966, in add_subpackage
        caller_level = 2)
      File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/numpy/distutils/misc_util.py", line 935, in get_subpackage
        caller_level = caller_level + 1)
      File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/numpy/distutils/misc_util.py", line 872, in _get_configuration_from_setup_py
        config = setup_module.configuration(*args)
      File "scipy/setup.py", line 16, in configuration
        config.add_subpackage('linalg')
      File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/numpy/distutils/misc_util.py", line 966, in add_subpackage
        caller_level = 2)
      File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/numpy/distutils/misc_util.py", line 935, in get_subpackage
        caller_level = caller_level + 1)
      File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/numpy/distutils/misc_util.py", line 872, in _get_configuration_from_setup_py
        config = setup_module.configuration(*args)
      File "scipy/linalg/setup.py", line 18, in configuration
        raise NotFoundError('no lapack/blas resources found')
    numpy.distutils.system_info.NotFoundError: no lapack/blas resources found
    
    ----------------------------------------
Command "/usr/bin/python -c "import setuptools, tokenize;__file__='/tmp/pip-build-RdpUEf/scipy/setup.py';exec(compile(getattr(tokenize, 'open', open)(__file__).read().replace('\r\n', '\n'), __file__, 'exec'))" install --record /tmp/pip-6xtsW3-record/install-record.txt --single-version-externally-managed --compile" failed with error code 1 in /tmp/pip-build-RdpUEf/scipy

De ce que je comprends, il faut alors que j'installe les librairies ATLAS, BLAS et LAPACK ou alors que je trouve le fichier wheel qui n'arrive pas à être construit.
Scipy a effectivement des dépendances d'installation (cf https://packages.debian.org/jessie/python-scipy).
J'essaie alors d'installer en 1er lieu la librairie LAPACK (par exemple) :

root@PC-LATITUDE:~# apt-get install liblapack-dev
Lecture des listes de paquets... Fait
Construction de l'arbre des dépendances       
Lecture des informations d'état... Fait
E: Impossible de trouver le paquet liblapack-dev

Mais en vain. J'ai essayé via aptitude, le synaptic (qui ne trouve pas "liblapack-dev"), et easy_install mais tous sont en échec pour installer une des librairies mentionnées au dessus.

Je suspecte donc qu'il y à un problème avec mon "apt-get" mais je ne trouve pas.

Quelqu'un saurait-il quoi faire ?

Merci,

Benjamin.

Dernière modification par Benjamin82 (Le 15/07/2015, à 08:49)

Elzen · Le 08/07/2015, à 14:58

Salut,

Benjamin82 a écrit :

je suis un débutant avec les systèmes linux et je rencontre un problème. Je suis sous Debian 8, je sais que le forum est pour ubuntu, mais je n'ai pas encore de mot de passe pour poster sur le forum Debian.

Je déplace donc dans le café
(Par ailleurs, pense aux balises de code, qui facilitent grandement la lecture. Je te les ai rajouté pour cette fois )

Benjamin82 a écrit :

root@PC-LATITUDE:~# apt-get install python-scipy
Lecture des listes de paquets... Fait
Construction de l'arbre des dépendances       
Lecture des informations d'état... Fait
E: Impossible de trouver le paquet python-scipy

Yop, on s'arrête là, pas la peine d'essayer d'installer le paquet par d'autres moyens !

En effet, il existe un paquet python-scipy sous Debian, et notamment pour Jessie. Donc, c'est par là qu'il vaut mieux l'installer, et on va essayer de réparer ton apt avant d'aller chercher des solutions tierces

Là comme ça, je soupçonnerais que tu viens seulement d'installer ton système, et que tes dépôts sont encore réglés sur un média d'installation (CD, par exemple) qui ne contient pas tout. Peux-tu poster le contenu du fichier /etc/apt/sources.list ?

(Par ailleurs, sur quel forum Debian es-tu inscrit ? Debian-facile, Debian-fr ? J'ai un compte sur les deux, et ne me souviens pas d'un délai particulier…)

Dernière modification par Elzen (Le 08/07/2015, à 15:34)

Benjamin82 · Le 08/07/2015, à 15:31

Bonjour Elzen et merci pour ta réponse,

wow ! Je suis assez étonné par ta perspicacité (ie, oui, je viens d'installer mon système via un CD-live !). J'imagine qu'on a chacun nos expertises .
L'installation du paquet a donné ça (j'espère que les balises vont marcher) :

root@PC-LATITUDE:~# dpkg -i "/home/bpiton/Téléchargements/python-scipy_0.14.0-2_i386.deb" 
Sélection du paquet python-scipy précédemment désélectionné.
(Lecture de la base de données... 164354 fichiers et répertoires déjà installés.)
Préparation du dépaquetage de .../python-scipy_0.14.0-2_i386.deb ...
Dépaquetage de python-scipy (0.14.0-2) ...
dpkg: des problèmes de dépendances empêchent la configuration de python-scipy :
 python-scipy dépend de python-decorator ; cependant :
  Le paquet python-decorator n'est pas installé.

dpkg: erreur de traitement du paquet python-scipy (--install) :
 problèmes de dépendances - laissé non configuré
Des erreurs ont été rencontrées pendant l'exécution :
 python-scipy

J'ai essayé préalablement d'installer manuellement des librairies dépendantes (bien que déconseillé, dont notamment liblapack3gf) et je n'ai pas eu le temps de commencer à comprendre, puis, régler mes pb de dépendances et je vois qu'il y en à encore apparemment.

Pour ce qui est du contenu de "sources.list" (trouvé dans /etc/apt/) j'ai ce qui suit :

#

# deb cdrom:[Debian GNU/Linux 8 _Jessie_ - Official Snapshot i386 LIVE/INSTALL Binary 20150606-16:47]/ jessie main

deb cdrom:[Debian GNU/Linux 8 _Jessie_ - Official Snapshot i386 LIVE/INSTALL Binary 20150606-16:47]/ jessie main

deb http://security.debian.org/ jessie/updates main
deb-src http://security.debian.org/ jessie/updates main

En lisant les 2 1ères lignes et avec ce que tu m'as dit, je crois comprendre qu'en effet mon dépôt est réglé sur mon média CD.
Pour ce qui est du forum Debian, il me semble que je me suis inscrit sur le forum "Debian-facile". Je vérifie, et je te dis.

Merci beaucoup pour ton aide !

Benjamin.

PS : j'ai pas compris ta blague sur le café .
PS2 : Je vois dans ta signature que tu fais une thèse : sur quoi est-ce ? Moi je l'ai finie il y à qq années .

Dernière modification par Benjamin82 (Le 08/07/2015, à 15:46)

Elzen · Le 08/07/2015, à 15:48

Benjamin82 a écrit :

Bonjour Elzen et merci pour ta réponse,

De rien

Benjamin82 a écrit :

wow ! Je suis assez étonné par ta perspicacité (ie, oui, je viens d'installer mon système via un CD-live !). J'imagine qu'on a chacun nos expertises .

Si le système ne trouve pas un paquet présent dans les dépôts en ligne, c'est vraisemblablement qu'il ne connaît pas les dépôts en ligne. Le seul moment où un système est susceptible de n'avoir jamais communiqué avec les dépôts en ligne, c'est quand il vient d'être installé, puisque l'installation se fait par le dépôt présent sur le CD

Benjamin82 a écrit :

J'ai essayé préalablement d'installer manuellement des librairies dépendantes (bien que déconseillé, dont notamment liblapack3gf) et je n'ai pas eu le temps de commencer à comprendre, puis, régler mes pb de dépendances et je vois qu'il y en à encore apparemment.

Ça tient au fonctionnement des paquets : ceux-ci n'embarquent que leur propre contenu ; les dépendances étant à récupérer autrement. Quand tu as des dépôts qui fonctionnent, apt s'en charge pour toi (il voit que tel paquet dépend de tel autre, qui dépend de tel autre, et il télécharge tout d'un coup). Quand on doit le faire à la main (aller chercher la liste des dépendances soi-même), c'est souvent assez fastidieux.

Benjamin82 a écrit :

Pour ce qui est du contenu de "sources.list" (trouvé dans /etc/apt/) j'ai ce qui suit :

Oups, oui, j'ai tapé l'emplacement du fichier trop vite, c'est bien celui-ci J'ai corrigé ci-dessus.

Bon, et donc, ton fichier /etc/apt/sources.list est bien à corriger : il contient encore la référence vers le CD, que tu n'utiliseras normalement plus ; et il ne contient pas l'ensemble des dépôts requis.
Modifie-le pour qu'il contienne ceci :

deb http://ftp.fr.debian.org/debian/ jessie main
deb-src http://ftp.fr.debian.org/debian/ jessie main

deb http://security.debian.org/ jessie/updates main
deb-src http://security.debian.org/ jessie/updates main

(N'hésite pas à conserver une copie de la version actuelle si tu préfères)
(Alternativement, tu peux utiliser d'autres miroirs, pour les deux premières lignes. Remplace par exemple “ftp.fr” par “ftp2.fr” ou par “ftp.de” si tu préfères)

Puis, lance, en tant que root, la commande :

apt-get update

Une fois que ce sera fait, tu pourras normalement installer python-scipy normalement

Benjamin82 a écrit :

PS : j'ai pas compris ta blague sur le café .

Ce n'était pas une blague : nous réservons les sections support aux questions spécifiques à Ubuntu. Les questions sur d'autres systèmes sont donc redirigés vers les section divers, et en particulier, celle appelée « Café Ubuntu », où ce sujet se trouve désormais.

Benjamin82 a écrit :

PS2 : Je vois dans ta signature que tu fais une thèse : sur quoi est-ce ? Moi je l'ai fini il y à qq années .

Tiens, oui, il va falloir que je mette à jour ma signature.
Ma thèse porte sur le traitement communautaire de requêtes dans un système pair-à-pair.

Benjamin82 · Le 08/07/2015, à 16:09

Merci Elzen,

c'est la réparation des dépendances qui a finalisé l'installation de scipy :

apt-get -f install

l'import de scipy dans python est maintenant fonctionnel !

Je te remercie beaucoup pour ton aide.

Benjamin.

Ayral · Le 08/07/2015, à 17:16

Modération : peux tu ajouter [Résolu] au début du sujet de cette discussion en modifiant ton premier message ? Merci.

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