Ubuntu-fr

vincent-avct

ubuntu 16.04 upgrade - Dépendance mysql-server-core-5.7

bonjour,

j'ai installé la version ubuntu 16.04 et lors d'une mise à jour le message suivant apparait :

je lance :

apt-get update

puis:

apt-get dist-upgrade

réponse :

Vous pouvez lancer « apt-get -f install » pour corriger ces problèmes.
Les paquets suivants contiennent des dépendances non satisfaites :
 mysql-server-5.7 : Dépend: mysql-server-core-5.7 (= 5.7.12-0ubuntu1.1) mais 5.7.13-0ubuntu0.16.04.2 est installé
E: Dépendances manquantes. Essayez d'utiliser l'option -f.

je ne voudrais pas faire d'impaire.
avez-vous un conseil à me donner ?

merci et bonne journée.

Dernière modification par vincent-avct (Le 26/07/2016, à 09:12)

bruno

Re : ubuntu 16.04 upgrade - Dépendance mysql-server-core-5.7

Salut,

Tu as refait une mise à jour de tes dépôts depuis ? Parce que tous les paquets MySQL sont en versin 5.7.13 dans les dépôts, il en devrait donc pas y avoir de conflit.

Delaballe

Re : ubuntu 16.04 upgrade - Dépendance mysql-server-core-5.7

Bonjour,

J'ai le même problème suite à justement une mise à jour. Pour le moment j'ai juste trouver le poste ci-dessous sans pouvoir résoudre le problème.

https://bugs.launchpad.net/ubuntu/+sour … ug/1605687

vincent-avct

Re : ubuntu 16.04 upgrade - Dépendance mysql-server-core-5.7

Bonjour,

je continue mes recherches mais pas de réponse satisfaisante.
de votre coté ?

merci

bruno

Re : ubuntu 16.04 upgrade - Dépendance mysql-server-core-5.7

Comme je l'ai dit ce n'est pas normal que tu aies un conflit entre des paquets en version 5.7.12 et 5.7.13 puisque dans les dépôts tout est en 5.7.13 (http://packages.ubuntu.com/xenial/mysql-server-5.7)

Le problème vient donc de la configuration de tes dépôts ou de leur (non) mise à jour.

Est-ce que tu as lancé :

apt-get -f install

ou

dpkg --configure -a

Dernière modification par bruno (Le 29/07/2016, à 14:18)

vincent-avct

Re : ubuntu 16.04 upgrade - Dépendance mysql-server-core-5.7

Bonjour Bruno,
je ne comprends pas bien ton message.
Depuis mon passage à la version 16.04 j'ai régulièrement fait les mises à jour.
j'ai installé très tôt (3 semaine après sa sortie) la dernière LTS, cela ne pourrait pas venir de là ?
pour la configuration des dépôts je n'ai rien modifié.

et dans le retour de la console il est bien écrit que la version 5.7.13-0ubuntu0.16.04.2 est installé,
je ne comprends pas non plus... enfin pour moi c'est peut-être normal   ; )

Dépend: mysql-server-core-5.7 (= 5.7.12-0ubuntu1.1) mais 5.7.13-0ubuntu0.16.04.2 est installé

merci de ton soutien

Dernière modification par vincent-avct (Le 29/07/2016, à 14:48)

vincent-avct

Re : ubuntu 16.04 upgrade - Dépendance mysql-server-core-5.7

oups pas vu ton message concernant les commandes

commande

apt-get -f install

réponse

Lecture des listes de paquets... Fait
Construction de l'arbre des dépendances       
Lecture des informations d'état... Fait
Correction des dépendances... Fait
The following additional packages will be installed:
  mysql-server-5.7
Paquets suggérés :
  tinyca
Les paquets suivants seront mis à jour :
  mysql-server-5.7
1 mis à jour, 0 nouvellement installés, 0 à enlever et 38 non mis à jour.
5 partiellement installés ou enlevés.
Il est nécessaire de prendre 0 o/2 722 ko dans les archives.
Après cette opération, 7 168 o d'espace disque supplémentaires seront utilisés.
Souhaitez-vous continuer ? [O/n] o
Reading changelogs... Done
Préconfiguration des paquets...
(Lecture de la base de données... 129015 fichiers et répertoires déjà installés.)
Préparation du dépaquetage de .../mysql-server-5.7_5.7.13-0ubuntu0.16.04.2_amd64.deb ...
cp: cannot overwrite directory '/var/lib/mysql-upgrade/DATADIR.link/mysql' with non-directory
dpkg: erreur de traitement de l'archive /var/cache/apt/archives/mysql-server-5.7_5.7.13-0ubuntu0.16.04.2_amd64.deb (--unpack) :
 le sous-processus nouveau script pre-installation a retourné une erreur de sortie d'état 1
Des erreurs ont été rencontrées pendant l'exécution :
 /var/cache/apt/archives/mysql-server-5.7_5.7.13-0ubuntu0.16.04.2_amd64.deb
E: Sub-process /usr/bin/dpkg returned an error code (1)

commande

dpkg --configure -a

réponse

Paramétrage de mysql-server (5.7.13-0ubuntu0.16.04.2) ...
Paramétrage de mysql-server-core-5.7 (5.7.13-0ubuntu0.16.04.2) ...
Paramétrage de libmysqlclient20:amd64 (5.7.13-0ubuntu0.16.04.2) ...
Paramétrage de mysql-client-core-5.7 (5.7.13-0ubuntu0.16.04.2) ...
Paramétrage de mysql-client-5.7 (5.7.13-0ubuntu0.16.04.2) ...
Traitement des actions différées (« triggers ») pour libc-bin (2.23-0ubuntu3) ...

vincent-avct

Re : ubuntu 16.04 upgrade - Dépendance mysql-server-core-5.7

une chose peut-être importante
j'ai modifié l'emplacement des bases de donnée pour en facilité la sauvegarde
est ce que cela pourrait poser un problème ?

Dernière modification par vincent-avct (Le 31/07/2016, à 17:32)

bruno

Re : ubuntu 16.04 upgrade - Dépendance mysql-server-core-5.7

Au vu des réponses des 2 dernières commandes le problème est résolu.

Tu avais ce message :

mysql-server-5.7 : Dépend: mysql-server-core-5.7 (= 5.7.12-0ubuntu1.1) mais 5.7.13-0ubuntu0.16.04.2 est installé

qui signifiait que apt tentait d’installer le paquet mysql-server-5.7 en version 5.7.12 alors que les paquets dépendants étaient déjà en version supérieure  : 5.7.13

Ton dernier retour montre que tout est maintenant installé et configuré avec les dernières versions.

vincent-avct

Re : ubuntu 16.04 upgrade - Dépendance mysql-server-core-5.7

c'est étonnant mais lorsque je lance la commande

apt-get dist-upgrade

le message d'erreur reste le même

Lecture des listes de paquets... Fait
Construction de l'arbre des dépendances       
Lecture des informations d'état... Fait
Vous pouvez lancer « apt-get -f install » pour corriger ces problèmes.
Les paquets suivants contiennent des dépendances non satisfaites :
 mysql-server-5.7 : Dépend: mysql-server-core-5.7 (= 5.7.12-0ubuntu1.1) mais 5.7.13-0ubuntu0.16.04.2 est installé
E: Dépendances manquantes. Essayez d'utiliser l'option -f.

jlmas

Re : ubuntu 16.04 upgrade - Dépendance mysql-server-core-5.7

une chose peut-être importante
j'ai modifié l'emplacement des bases de données pour en facilité la sauvegarde
est ce que cela pourrait poser un problème ?

Oui, pleins (De droits d'accès majoritairement, parfois aussi de privilèges d'apparmor)

Il faut toujours installer les paquets de la manière prévue par la distribution et laisser les choses (base de données, sites web etc...) là ou Ubuntu les met. La majorité des soucis remontés dans la partie serveur du forum proviennent de débutants qui n'ont pas voulu laisser les données là ou Ubuntu les avait mise (majoritairement à cause de tutoriels foireux).

La règle d'or selon moi est la suivante : Les bénévoles Debian et Ubuntu qui créent les paquets sont très compétants et leur choix sont très pertinents. Il faut toujours privilégier les choix qu'ils font.

La base de donnée mysql se trouve dans /var/lib/mysql/ et il faut la laisser là

Si tu veux sauvegarder tes bases de données, copie ce script dans /etc/cron.daily/dump-mysqdatabases

#!/bin/bash

# 1. on liste les bases de donnees
# 2. on sauvegarde les bases une a une
# -N : on enleve le titre (premiere ligne ou nom de la colonne)
# -B : batch == pas de formattage
# -e : execution d'une commande

# le fichier de sauvegarde sera de la forme : mysql_dump_mabase_2010-03-09.sql.gz
# $PREFIXE_FICHIER$LABASE$SUFFIXE_FICHIER
LISTE_BASE=`mysql --defaults-file=/etc/mysql/debian.cnf -N -B  -e "SHOW DATABASES "`
REP_SAUVEGARDE=/var/backups/
PREFIXE_FICHIER=mysqldump_
SUFFIXE_FICHIER=_"`date +%F`".sql.gz

for LABASE in $LISTE_BASE
do
        FICHIER_SAUVEGARDE=$REP_SAUVEGARDE$PREFIXE_FICHIER$LABASE$SUFFIXE_FICHIER
        mysqldump --defaults-file=/etc/mysql/debian.cnf --opt --lock-tables=false $LABASE | gzip -c > $FICHIER_SAUVEGARDE
	chmod 640 $FICHIER_SAUVEGARDE
done

# On supprime les backups trop anciens

# mysqldump  de plus de 9 jours
find /var/backups/ -type f -iname 'mysqldump_*' -mtime +9 -exec rm {} \;

puis fait un

chmod 755 /etc/cron.daily/dump-mysqdatabases

Il sauvegarde tous les jours les toutes les bases de données mysql dans le répertoire /var/backups et supprime les sauvegardes ayant plus de 9 jours.

Si vous avez des améliorations à apporter au script, ne vous gênez pas pour les partager.

bruno

Re : ubuntu 16.04 upgrade - Dépendance mysql-server-core-5.7

Ah c'est vraiment très bizarre !
Je ne crois pas que cela ait un quelconque rapport avec l'emplacement des bases de données…
Si tu veux un bon outil de sauvegarde utilise plutôt automysqlbackup.

Tu peux donner le retour de :

apt-cache policy mysql-server-5.7

et éventuellement tenter avec aptitude :

aptitude update && aptitude full-upgrade

pour voir les solutions proposées.

vincent-avct

Re : ubuntu 16.04 upgrade - Dépendance mysql-server-core-5.7

commande

apt-cache policy mysql-server-5.7

retour

mysql-server-5.7:
  Installé : 5.7.12-0ubuntu1.1
  Candidat : 5.7.13-0ubuntu0.16.04.2
 Table de version :
     5.7.13-0ubuntu0.16.04.2 500
        500 http://fr.archive.ubuntu.com/ubuntu xenial-updates/main amd64 Packages
        500 http://security.ubuntu.com/ubuntu xenial-security/main amd64 Packages
 *** 5.7.12-0ubuntu1.1 100
        100 /var/lib/dpkg/status
     5.7.11-0ubuntu6 500
        500 http://fr.archive.ubuntu.com/ubuntu xenial/main amd64 Packages

commande

aptitude update && aptitude full-upgrade

retour

The program 'aptitude' is currently not installed. You can install it by typing:
apt install aptitude

et si je tape la commande

apt install aptitude

retour

Lecture des listes de paquets... Fait
Construction de l'arbre des dépendances       
Lecture des informations d'état... Fait
Vous pouvez lancer « apt-get -f install » pour corriger ces problèmes :
Les paquets suivants contiennent des dépendances non satisfaites :
 aptitude : Dépend: aptitude-common (= 0.7.4-2ubuntu2) mais ne sera pas installé
            Dépend: libboost-iostreams1.58.0 mais ne sera pas installé
            Dépend: libcwidget3v5 mais ne sera pas installé
            Dépend: libsigc++-2.0-0v5 (>= 2.6.1) mais ne sera pas installé
            Dépend: libxapian22v5 mais ne sera pas installé
            Recommande: libparse-debianchangelog-perl mais ne sera pas installé
 mysql-server-5.7 : Dépend: mysql-server-core-5.7 (= 5.7.12-0ubuntu1.1) mais 5.7.13-0ubuntu0.16.04.2 devra être installé
E: Dépendances non satisfaites. Essayez « apt-get -f install » sans paquet
(ou indiquez une solution).

bruno

Re : ubuntu 16.04 upgrade - Dépendance mysql-server-core-5.7

Autant pour moi je n'avais pas vu ceci dans ton retour en #7 :

cp: cannot overwrite directory '/var/lib/mysql-upgrade/DATADIR.link/mysql' with non-directory
dpkg: erreur de traitement de l'archive /var/cache/apt/archives/mysql-server-5.7_5.7.13-0ubuntu0.16.04.2_amd64.deb (--unpack) :
 le sous-processus nouveau script pre-installation a retourné une erreur de sortie d'état 1

La mise à jour vers la version 5.7.13 échoue pour cette raison.
Si tu as modifié l’emplacement des bases de données en faisant un lien symbolique, c'est sans aucun doute le motif de l'erreur.

vincent-avct

Re : ubuntu 16.04 upgrade - Dépendance mysql-server-core-5.7

la solution serait, de référencer ce lien symbolique à un endroit spécifique ou de rétablir la configuration initiale (moins sympa) ?
merci à vous tous

bruno

Re : ubuntu 16.04 upgrade - Dépendance mysql-server-core-5.7

AMHA, la solution aurait été d'indiquer l'emplacement réel des bases de données dans le fichier de configuration de mysql (directive datadir daans my.cnf) et non d'utiliser un lien symbolique. C'est malheureusement une mauvaise pratique que l'on trouve dans pleins de tutos sur les serveurs…

Donc  :
- supprimer le lien symbolique ;
- modifier my.cnf pour indiquer l'emplacement réel du dossier contant les base de données ;
- redémarrage de mysqld ;
- nouvelle tentative de mise à jour

Maintenant je n'ai aucune idée si cela va fonctionner ou pas…

vincent-avct

Re : ubuntu 16.04 upgrade - Dépendance mysql-server-core-5.7

merci bruno
après quelques recherches j'ai lu que la variable correspondant à l'emplacement du dossier bdd était datadir
sur ubuntu 16.04 j'en est trouvé une occurrence dans le fichier

/etc/mysql/mysql.conf.d/mysqld.cnf

quelqu'un pour m'indiquer si il faut ajouter une référence datadir dans le fichier my.cnf (qui sur mon installation est un lien symbolique)
ou si il faut modifier le fichier mysqld.cnf identifié plus haut

sachant que j'avais déjà modifié les références dans le fichier

/etc/apparmor.d/usr.sbin.mysqld

merci de vos conseils

bruno

Re : ubuntu 16.04 upgrade - Dépendance mysql-server-core-5.7

merci bruno
après quelques recherches j'ai lu que la variable correspondant à l'emplacement du dossier bdd était datadir
sur ubuntu 16.04 j'en est trouvé une occurrence dans le fichier

/etc/mysql/mysql.conf.d/mysqld.cnf

quelqu'un pour m'indiquer si il faut ajouter une référence datadir dans le fichier my.cnf (qui sur mon installation est un lien symbolique)
ou si il faut modifier le fichier mysqld.cnf identifié plus haut

Je t'invite à faire une recherche sur ce qu'est un lien symbolique… C'est juste une référence, ou si tu préfères un alias, vers le fichier réel.

sachant que j'avais déjà modifié les références dans le fichier

/etc/apparmor.d/usr.sbin.mysqld

Ça c'est pas « propre »… Les ajouts ou surcharges des profils apparmor se font en créant un fichier du même nom (s'il n'est pas déjà présent) dans le dossier /etc/apparmor.d/local (Voir le README de ce dossier).

vincent-avct

Re : ubuntu 16.04 upgrade - Dépendance mysql-server-core-5.7

merci bruno, j'ai appris à faire des liens symboliques à l'occasion de cette installation de serveur sous ubuntu 16.04
et graphiquement mon fichier à bien l'aspect d'un lien symbolique   : )
ce qui m'intéresserait vraiment c'est d'avoir une réponse sur le fichier sur lequel je devrais tester la manip que tu m'as indiqué,
sinon effectivement cela risque de ne pas fonctionner.

je suis passé de 12.04 à 16.04 donc beaucoup de changement.

ok pour le readme apparmor

vincent-avct

Re : ubuntu 16.04 upgrade - Dépendance mysql-server-core-5.7

pour explication de cette histoire de lien symbolique
http://preprod.unanunjour.net/img/etcmy … my.cnf.png

ok effectivement AppArmor  à l'air sensible  : )
dois je remettre la configuration par default et ajouter au fichier

/etc/apparmor.d/local/usr.sbin.mysqld

les "ajustements" que j'avais maladroitement insérer dans

/etc/apparmor.d/usr.sbin.mysqld

et sous la forme

# Allow data dir access
  /opt/mysql/ r,
  /opt/mysql/** rwk,

Modération : merci d'utiliser des images de petite taille (300x300) ou des miniatures pointant sur ces images (Des hébergeurs comme Toile Libre ou TDCT'Pix le permettent).

Dernière modification par cqfd93 (Le 30/07/2016, à 17:43)

vincent-avct

Re : ubuntu 16.04 upgrade - Dépendance mysql-server-core-5.7

du coup comme les mises à jour s'accumulent
j'ai modifié l'emplacement du dossier des bdd pour le replacer à "sa place", soit

/var/lib/mysql/

mais ça ne change rien

Lecture des listes de paquets... Fait
Construction de l'arbre des dépendances       
Lecture des informations d'état... Fait
Vous pouvez lancer « apt-get -f install » pour corriger ces problèmes.
Les paquets suivants contiennent des dépendances non satisfaites :
 mysql-server-5.7 : Dépend: mysql-server-core-5.7 (= 5.7.12-0ubuntu1.1) mais 5.7.13-0ubuntu0.16.04.2 est installé
E: Dépendances manquantes. Essayez d'utiliser l'option -f.

les seuls résolutions que j'ai pu lire pour le moment passent par une ré installation de tous les paquets mysql
une autre idée ?

vincent-avct

Re : ubuntu 16.04 upgrade - Dépendance mysql-server-core-5.7

alors c'est pas tout à fait vrai...
la commande

apt-get -f install

a fonctionné correctement ce qui m'a permis de faire les mises à jours attendues

je vais voir si je trouve une solution pour que le déplacement du dossier des bdd soit correctement géré
sinon... il me reste qu'à modifier mes scripts de sauvegarde

merci à tous,