#26 Le 11/05/2022, à 23:04
- Phragmite
Re : Logiciel R ne se lance pas (Ubuntu 20.04) [Résolu]
Retour de la première commande :
leo@Renard:~$ dpkg -l "r-*" | grep "^ii" | awk '{print $2}' | xargs -r sudo apt remove --purge
Lecture des listes de paquets... Fait
Construction de l'arbre des dépendances
Lecture des informations d'état... Fait
Les paquets suivants ont été installés automatiquement et ne sont plus nécessaires :
libtcl8.6 libtk8.6
Veuillez utiliser « sudo apt autoremove » pour les supprimer.
Les paquets suivants seront ENLEVÉS :
r-base-core* r-base-html* r-cran-boot* r-cran-class* r-cran-cluster* r-cran-codetools*
r-cran-foreign* r-cran-kernsmooth* r-cran-lattice* r-cran-littler* r-cran-mass*
r-cran-matrix* r-cran-mgcv* r-cran-nlme* r-cran-nnet* r-cran-rpart* r-cran-spatial*
r-cran-survival* r-doc-html* r-recommended*
0 mis à jour, 0 nouvellement installés, 20 à enlever et 0 non mis à jour.
Après cette opération, 78,1 Mo d'espace disque seront libérés.
Souhaitez-vous continuer ? [O/n] Annulation.
leo@Renard:~$
Et de la seconde :
leo@Renard:~$ cat /etc/apt/sources.list
# deb cdrom:[Ubuntu 20.04.4 LTS _Focal Fossa_ - Release amd64 (20220223)]/ focal main restricted
# See http://help.ubuntu.com/community/UpgradeNotes for how to upgrade to
# newer versions of the distribution.
deb http://fr.archive.ubuntu.com/ubuntu/ focal main restricted
# deb-src http://fr.archive.ubuntu.com/ubuntu/ focal main restricted
## Major bug fix updates produced after the final release of the
## distribution.
deb http://fr.archive.ubuntu.com/ubuntu/ focal-updates main restricted
# deb-src http://fr.archive.ubuntu.com/ubuntu/ focal-updates main restricted
## N.B. software from this repository is ENTIRELY UNSUPPORTED by the Ubuntu
## team. Also, please note that software in universe WILL NOT receive any
## review or updates from the Ubuntu security team.
deb http://fr.archive.ubuntu.com/ubuntu/ focal universe
# deb-src http://fr.archive.ubuntu.com/ubuntu/ focal universe
deb http://fr.archive.ubuntu.com/ubuntu/ focal-updates universe
# deb-src http://fr.archive.ubuntu.com/ubuntu/ focal-updates universe
## N.B. software from this repository is ENTIRELY UNSUPPORTED by the Ubuntu
## team, and may not be under a free licence. Please satisfy yourself as to
## your rights to use the software. Also, please note that software in
## multiverse WILL NOT receive any review or updates from the Ubuntu
## security team.
deb http://fr.archive.ubuntu.com/ubuntu/ focal multiverse
# deb-src http://fr.archive.ubuntu.com/ubuntu/ focal multiverse
deb http://fr.archive.ubuntu.com/ubuntu/ focal-updates multiverse
# deb-src http://fr.archive.ubuntu.com/ubuntu/ focal-updates multiverse
## N.B. software from this repository may not have been tested as
## extensively as that contained in the main release, although it includes
## newer versions of some applications which may provide useful features.
## Also, please note that software in backports WILL NOT receive any review
## or updates from the Ubuntu security team.
deb http://fr.archive.ubuntu.com/ubuntu/ focal-backports main restricted universe multiverse
# deb-src http://fr.archive.ubuntu.com/ubuntu/ focal-backports main restricted universe multiverse
## Uncomment the following two lines to add software from Canonical's
## 'partner' repository.
## This software is not part of Ubuntu, but is offered by Canonical and the
## respective vendors as a service to Ubuntu users.
# deb http://archive.canonical.com/ubuntu focal partner
# deb-src http://archive.canonical.com/ubuntu focal partner
deb http://security.ubuntu.com/ubuntu focal-security main restricted
# deb-src http://security.ubuntu.com/ubuntu focal-security main restricted
deb http://security.ubuntu.com/ubuntu focal-security universe
# deb-src http://security.ubuntu.com/ubuntu focal-security universe
deb http://security.ubuntu.com/ubuntu focal-security multiverse
# deb-src http://security.ubuntu.com/ubuntu focal-security multiverse
# This system was installed using small removable media
# (e.g. netinst, live or single CD). The matching "deb cdrom"
# entries were disabled at the end of the installation process.
# For information about how to configure apt package sources,
# see the sources.list(5) manual.
deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu focal-cran40/
# deb-src https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu focal-cran40/
leo@Renard:~$
Hors ligne
#27 Le 11/05/2022, à 23:51
- nany
Re : Logiciel R ne se lance pas (Ubuntu 20.04) [Résolu]
leo@Renard:~$ dpkg -l "r-*" | grep "^ii" | awk '{print $2}' | xargs -r sudo apt remove --purge … Souhaitez-vous continuer ? [O/n] Annulation. …
Bizarre. Essaie :
dpkg -l "r-*" | grep "^ii" | awk '{print $2}' | xargs -r sudo apt remove -y --purge
Et si ça ressort encore Annulation :
dpkg -l "r-*" | grep "^ii" | awk '{print $2}' | xargs -r sudo apt-get remove -y --purge
Hors ligne
#28 Le 12/05/2022, à 07:32
- Phragmite
Re : Logiciel R ne se lance pas (Ubuntu 20.04) [Résolu]
Bonjour Nany,
La première commande semble avoir fonctionné :
leo@Renard:~$ dpkg -l "r-*" | grep "^ii" | awk '{print $2}' | xargs -r sudo apt remove -y --purge
[sudo] Mot de passe de leo :
Lecture des listes de paquets... Fait
Construction de l'arbre des dépendances
Lecture des informations d'état... Fait
Les paquets suivants ont été installés automatiquement et ne sont plus nécessaires :
libtcl8.6 libtk8.6
Veuillez utiliser « sudo apt autoremove » pour les supprimer.
Les paquets suivants seront ENLEVÉS :
r-base-core* r-base-html* r-cran-boot* r-cran-class* r-cran-cluster*
r-cran-codetools* r-cran-foreign* r-cran-kernsmooth* r-cran-lattice*
r-cran-littler* r-cran-mass* r-cran-matrix* r-cran-mgcv* r-cran-nlme*
r-cran-nnet* r-cran-rpart* r-cran-spatial* r-cran-survival* r-doc-html*
r-recommended*
0 mis à jour, 0 nouvellement installés, 20 à enlever et 0 non mis à jour.
Après cette opération, 78,1 Mo d'espace disque seront libérés.
(Lecture de la base de données... 319209 fichiers et répertoires déjà installés.)
Suppression de r-recommended (4.2.0-1.2004.0) ...
Suppression de r-cran-mgcv (1.8-40-1cran1.2004.0) ...
Suppression de r-cran-nlme (3.1.157-1.2004.0) ...
Suppression de r-cran-boot (1.3-28-1cran1.2004.0) ...
Suppression de r-cran-rpart (4.1.16-1.2004.0) ...
Suppression de r-cran-survival (3.2-13-1cran1.2004.0) ...
Suppression de r-cran-spatial (7.3-11-2focal0) ...
Suppression de r-base-html (4.2.0-1.2004.0) ...
Suppression de r-cran-class (7.3-20-1.2004.0) ...
Suppression de r-cran-cluster (2.1.3-1.2004.0) ...
Suppression de r-cran-codetools (0.2-18-1cran1.2004.0) ...
Suppression de r-cran-foreign (0.8.82-1.2004.0) ...
Suppression de r-cran-kernsmooth (2.23-20-1cran1.2004.0) ...
Suppression de r-cran-matrix (1.4-1-1.2004.0) ...
Suppression de r-cran-lattice (0.20-45-3.2004.0) ...
Suppression de r-cran-littler (0.3.15-1.2004.0) ...
Suppression de r-cran-mass (7.3-57-1.2004.0) ...
Suppression de r-cran-nnet (7.3-17-1.2004.0) ...
Suppression de r-doc-html (4.2.0-1.2004.0) ...
Suppression de r-base-core (4.2.0-1.2004.0) ...
Traitement des actions différées (« triggers ») pour desktop-file-utils (0.24-1u
buntu3) ...
Traitement des actions différées (« triggers ») pour mime-support (3.64ubuntu1)
...
Traitement des actions différées (« triggers ») pour hicolor-icon-theme (0.17-2)
...
Traitement des actions différées (« triggers ») pour gnome-menus (3.36.0-1ubuntu
1) ...
Traitement des actions différées (« triggers ») pour man-db (2.9.1-1) ...
Traitement des actions différées (« triggers ») pour bamfdaemon (0.5.3+18.04.201
80207.2-0ubuntu2) ...
Rebuilding /usr/share/applications/bamf-2.index...
(Lecture de la base de données... 316832 fichiers et répertoires déjà installés.
)
Purge des fichiers de configuration de r-base-core (4.2.0-1.2004.0) ...
Hors ligne
#29 Le 12/05/2022, à 07:37
- iznobe
Re : Logiciel R ne se lance pas (Ubuntu 20.04) [Résolu]
Bonjour , du coup avant d' enclencher , je ferais quelques commandes de base pour remettre apt au propre et nettoyer un peu si besoin :
sudo apt update
sudo apt install -f
sudo apt autoremove
Logiquement la suite serait donc la desinstallation propre du PPA " cran " .
Dernière modification par iznobe (Le 12/05/2022, à 08:17)
retour COMPLET et utilisable de commande
MSI Z490A-pro , i7 10700 , 32 GB RAM .
Hors ligne
#30 Le 12/05/2022, à 09:13
- nany
Re : Logiciel R ne se lance pas (Ubuntu 20.04) [Résolu]
Logiquement la suite serait donc la desinstallation propre du PPA " cran " .
Exact. Et pour ce faire, donne les retours de :
cd /etc/apt/trusted.gpg.d && sudo rm -v cran_ubuntu_key.asc ; cd
sudo sed -i '/r-project/d' /etc/apt/sources.list{,.save,.d/*} ; sudo apt clean && sudo apt update
find /etc/apt -type f -name '*.list*' -exec bash -c 'echo -e "\n\t$1\n"; [[ $1 = *".list" ]] && cat -n "$1"' _ '{}' \;
Hors ligne
#31 Le 12/05/2022, à 09:40
- Phragmite
Re : Logiciel R ne se lance pas (Ubuntu 20.04) [Résolu]
Bonjour,
Ah, flûte ! Après le message d'Iznobe, j'ai fouillé la doc Ubuntu pour trouvé comment désinstaller un ppa de manière "propre".
Voici ce que je viens de faire juste avant ton message Nany. J'ai installé le paquet ppa-purge puis, j'ai désinstaller le ppa du cran ainsi :
leo@Renard:~$ sudo ppa-purge focal-cran40
Updating packages lists
PPA to be removed: focal-cran40 ppa
Warning: Could not find package list for PPA: focal-cran40 ppa
leo@Renard:~$
J'ai ensuite vérifié s'il restait des paquets du ppa :
leo@Renard:~$ dpkg -l "r-*"
Souhait=inconnU/Installé/suppRimé/Purgé/H=à garder
| État=Non/Installé/fichier-Config/dépaqUeté/échec-conFig/H=semi-installé/W=attend-traitement-déclenc>
|/ Err?=(aucune)/besoin Réinstallation (État,Err: majuscule=mauvais)
||/ Nom Version Architecture Description
+++-==============-============-============-=====================================
un r-base <aucune> <aucune> (aucune description n'est disponible)
un r-cran-later <aucune> <aucune> (aucune description n'est disponible)
lines 1-7/7 (END)
leo@Renard:
Comme c'était le cas, j'ai tenté un sudo apt autoremove --purge puis revérifié s'il restait toujours des paquets du ppa :
leo@Renard:~$ sudo apt autoremove --purge
Lecture des listes de paquets... Fait
Construction de l'arbre des dépendances
Lecture des informations d'état... Fait
0 mis à jour, 0 nouvellement installés, 0 à enlever et 0 non mis à jour.
leo@Renard:~$
leo@Renard:~$ dpkg -l "r-*" | grep -v "^un"
Souhait=inconnU/Installé/suppRimé/Purgé/H=à garder
| État=Non/Installé/fichier-Config/dépaqUeté/échec-conFig/H=semi-installé/W=attend-traitement-déclenchements
|/ Err?=(aucune)/besoin Réinstallation (État,Err: majuscule=mauvais)
||/ Nom Version Architecture Description
+++-==============-============-============-=====================================
leo@Renard:~$
J'ai l'impression que ça a bien enlevé les derniers paquets du ppa de CRAN.
Est-ce que tu me conseille quand même de lancer les commandes que tu m'as indiquées Nany ?
Hors ligne
#32 Le 12/05/2022, à 09:49
- nany
Re : Logiciel R ne se lance pas (Ubuntu 20.04) [Résolu]
Est-ce que tu me conseille quand même de lancer les commandes que tu m'as indiquées Nany ?
Oui.
Hors ligne
#33 Le 12/05/2022, à 09:54
- Phragmite
Re : Logiciel R ne se lance pas (Ubuntu 20.04) [Résolu]
Ok, c'est parti !
Retour de la première commande :
leo@Renard:~$ cd /etc/apt/trusted.gpg.d && sudo rm -v cran_ubuntu_key.asc ; cd
[sudo] Mot de passe de leo :
'cran_ubuntu_key.asc' supprimé
leo@Renard:~$
De la deuxième :
leo@Renard:~$ sudo sed -i '/r-project/d' /etc/apt/sources.list{,.save,.d/*} ; sudo apt clean && sudo apt update
Atteint :1 http://fr.archive.ubuntu.com/ubuntu focal InRelease
Atteint :2 https://linux.teamviewer.com/deb stable InRelease
Atteint :3 http://fr.archive.ubuntu.com/ubuntu focal-updates InRelease
Atteint :4 http://fr.archive.ubuntu.com/ubuntu focal-backports InRelease
Atteint :5 http://security.ubuntu.com/ubuntu focal-security InRelease
Atteint :6 https://desktop-download.mendeley.com/download/apt stable InRelease
Lecture des listes de paquets... Fait
Construction de l'arbre des dépendances
Lecture des informations d'état... Fait
Tous les paquets sont à jour.
leo@Renard:~$
Et enfin de la troisième :
leo@Renard:~$ find /etc/apt -type f -name '*.list*' -exec bash -c 'echo -e "\n\t$1\n"; [[ $1 = *".list" ]] && cat -n "$1"' _ '{}' \;
/etc/apt/sources.list.save
/etc/apt/sources.list
1 # deb cdrom:[Ubuntu 20.04.4 LTS _Focal Fossa_ - Release amd64 (20220223)]/ focal main restricted
2
3 # See http://help.ubuntu.com/community/UpgradeNotes for how to upgrade to
4 # newer versions of the distribution.
5 deb http://fr.archive.ubuntu.com/ubuntu/ focal main restricted
6 # deb-src http://fr.archive.ubuntu.com/ubuntu/ focal main restricted
7
8 ## Major bug fix updates produced after the final release of the
9 ## distribution.
10 deb http://fr.archive.ubuntu.com/ubuntu/ focal-updates main restricted
11 # deb-src http://fr.archive.ubuntu.com/ubuntu/ focal-updates main restricted
12
13 ## N.B. software from this repository is ENTIRELY UNSUPPORTED by the Ubuntu
14 ## team. Also, please note that software in universe WILL NOT receive any
15 ## review or updates from the Ubuntu security team.
16 deb http://fr.archive.ubuntu.com/ubuntu/ focal universe
17 # deb-src http://fr.archive.ubuntu.com/ubuntu/ focal universe
18 deb http://fr.archive.ubuntu.com/ubuntu/ focal-updates universe
19 # deb-src http://fr.archive.ubuntu.com/ubuntu/ focal-updates universe
20
21 ## N.B. software from this repository is ENTIRELY UNSUPPORTED by the Ubuntu
22 ## team, and may not be under a free licence. Please satisfy yourself as to
23 ## your rights to use the software. Also, please note that software in
24 ## multiverse WILL NOT receive any review or updates from the Ubuntu
25 ## security team.
26 deb http://fr.archive.ubuntu.com/ubuntu/ focal multiverse
27 # deb-src http://fr.archive.ubuntu.com/ubuntu/ focal multiverse
28 deb http://fr.archive.ubuntu.com/ubuntu/ focal-updates multiverse
29 # deb-src http://fr.archive.ubuntu.com/ubuntu/ focal-updates multiverse
30
31 ## N.B. software from this repository may not have been tested as
32 ## extensively as that contained in the main release, although it includes
33 ## newer versions of some applications which may provide useful features.
34 ## Also, please note that software in backports WILL NOT receive any review
35 ## or updates from the Ubuntu security team.
36 deb http://fr.archive.ubuntu.com/ubuntu/ focal-backports main restricted universe multiverse
37 # deb-src http://fr.archive.ubuntu.com/ubuntu/ focal-backports main restricted universe multiverse
38
39 ## Uncomment the following two lines to add software from Canonical's
40 ## 'partner' repository.
41 ## This software is not part of Ubuntu, but is offered by Canonical and the
42 ## respective vendors as a service to Ubuntu users.
43 # deb http://archive.canonical.com/ubuntu focal partner
44 # deb-src http://archive.canonical.com/ubuntu focal partner
45
46 deb http://security.ubuntu.com/ubuntu focal-security main restricted
47 # deb-src http://security.ubuntu.com/ubuntu focal-security main restricted
48 deb http://security.ubuntu.com/ubuntu focal-security universe
49 # deb-src http://security.ubuntu.com/ubuntu focal-security universe
50 deb http://security.ubuntu.com/ubuntu focal-security multiverse
51 # deb-src http://security.ubuntu.com/ubuntu focal-security multiverse
52
53 # This system was installed using small removable media
54 # (e.g. netinst, live or single CD). The matching "deb cdrom"
55 # entries were disabled at the end of the installation process.
56 # For information about how to configure apt package sources,
57 # see the sources.list(5) manual.
/etc/apt/sources.list.d/teamviewer.list
1 ### TeamViewer DEB repository list
2
3 ### NOTE: Manual changes to this file
4 ### - prevent it from being updated by TeamViewer package updates
5 ### - will be lost after using the 'teamviewer repo' command
6 ### The original file can be restored with this command:
7 ### cp /opt/teamviewer/tv_bin/script/teamviewer.list /etc/apt/sources.list.d/teamviewer.list
8 ### which has the same effect as 'teamviewer repo default'
9
10 ### NOTE: It is preferred to use the following commands to edit this file:
11 ### teamviewer repo - show current repository configuration
12 ### teamviewer repo default - restore default configuration
13 ### teamviewer repo disable - disable the repository
14 ### teamviewer repo stable - make all regular TeamViewer packages available (default)
15 ### teamviewer repo preview - additionally, make feature preview packages available
16 ### teamviewer repo development - additionally, make the latest development packages available
17
18
19 deb https://linux.teamviewer.com/deb stable main
20
21 # deb https://linux.teamviewer.com/deb preview main
22 # deb https://linux.teamviewer.com/deb development main
/etc/apt/sources.list.d/mendeleydesktop.list
1 # This file lists the repositories for Mendeley Desktop.
2 #
3 # These repositories should work with most recent Debian/Ubuntu-based Linux
4 # distributions.
5 #
6 # If you have any problems with Mendeley's Debian/Ubuntu repositories,
7 # you can let us know at http://feedback.mendeley.com
8 #
9 # The distribution name sets the release channel you want to use,
10 # which can be either "stable" or "preview"
11
12 deb https://desktop-download.mendeley.com/download/apt stable main
/etc/apt/sources.list.d/mendeleydesktop.list.save
/etc/apt/sources.list.d/teamviewer.list.save
leo@Renard:~$
Si j'ai bien compris, la première commande supprime la vieille clé du PPA, c'est ça ? Mais que font les deux autres ?
Hors ligne
#34 Le 12/05/2022, à 10:30
- nany
Re : Logiciel R ne se lance pas (Ubuntu 20.04) [Résolu]
Si j'ai bien compris, la première commande supprime la vieille clé du PPA, c'est ça ?
C’est bien ça. Quoi que je n’aime pas parler de PPA quand il s’agit de dépôts tiers hors de launchpad.
Mais que font les deux autres ?
La deuxième a supprimé les lignes contenant « r-project » dans les fichiers de sources de dépôts puis a lancé un rafraîchissement des informations sur les paquets permettant ainsi de voir s’il n’y avait plus d’appel aux sources de cran.
Et comme je suis plutôt ceinture et bretelles, j’ai demandé la troisième ligne de commandes qui liste les fichiers de sources afin de vérifier leurs contenus.
Il n’y a donc plus aucune trace des dépôts de cran et tu peux refaire l’installation de r-project à partir des dépôts d’Ubuntu :
sudo apt install -y r-base r-base-dev
Hors ligne
#35 Le 12/05/2022, à 10:56
- Phragmite
Re : Logiciel R ne se lance pas (Ubuntu 20.04) [Résolu]
Ok. Je note que pour être tout à fait rigoureux les dépôts du cran ne sont pas des PPA.
Et qu'il va également falloir que je me prenne un moment pour me former à l'utilisation un peu plus poussée des commandes du terminal.
Ca y est, j'ai pu ré-installé R (puis l'interface Rstudio en prime) et tout s'ouvre normalement !
Nany, iznobe, xubu1957, merci à tous les trois pour votre aide et votre patience !
Je passe le fil en [résolu].
Bonne journée,
Phragmite
Dernière modification par Phragmite (Le 12/05/2022, à 11:10)
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#36 Le 12/05/2022, à 10:56
- iznobe
Re : Logiciel R ne se lance pas (Ubuntu 20.04) [Résolu]
@nany , je pensais qu ' il fallait aussi nettoyer le cache apt pour enlever ( au cas ou il resterait des reliquats ) dans le cache des paquets en rapport au PPA depot CRAN ) avant de reinstaller .
Ce n' est pas ce qu ' est censé faire ppa-purge automatiquement ? mais comme ce n' est pas vraimment un PPA on est obligé de faire ca manuellement .
quand " apt update " indique par exemple :
Réception de :1 http://packages.azlux.fr/debian buster InRelease [3989 B]
il ne met pas les données recues dans /var/apt/cache ?
EDIT : @Phragmite : une bonne chose de faite , bonne continuation
Dernière modification par iznobe (Le 12/05/2022, à 11:02)
retour COMPLET et utilisable de commande
MSI Z490A-pro , i7 10700 , 32 GB RAM .
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#37 Le 12/05/2022, à 14:11
- nany
Re : Logiciel R ne se lance pas (Ubuntu 20.04) [Résolu]
@nany , je pensais qu ' il fallait aussi nettoyer le cache apt pour enlever ( au cas ou il resterait des reliquats ) dans le cache des paquets en rapport au PPA depot CRAN ) avant de reinstaller .
Oui, et
…
… Et pour ce faire, donne les retours de :
…… ; sudo apt clean && …
…
Or
clean La commande clean nettoie le dépôt local des paquets récupérés. Elle supprime tout, excepté le fichier de verrou situé dans /var/cache/apt/archives/ et /var/cache/apt/archives/partial/.
Donc le cache a bien été vidé.
Ce n' est pas ce qu ' est censé faire ppa-purge automatiquement ? mais comme ce n' est pas vraimment un PPA on est obligé de faire ca manuellement .
Je ne connais pas le code de ppa-purge mais il doit probablement faire ça entre autres. Et comme son nom l’indique, il ne purge que les PPA et donc, oui, il a fallu tout virer à la main.
quand " apt update " indique par exemple :
Réception de :1 http://packages.azlux.fr/debian buster InRelease [3989 B]
il ne met pas les données recues dans /var/apt/cache ?
…
Les fichiers InRelease sont stockés dans /var/lib/apt/lists. /var/cache/apt/archives ne stocke que les .deb téléchargés lors d’install ou d’upgrade.
Hors ligne
#38 Le 12/05/2022, à 15:02
- iznobe
Re : Logiciel R ne se lance pas (Ubuntu 20.04) [Résolu]
Merci beaucoup pour toutes ces precisions
Dans la longueur de la commande j ' ai certainement du zappé le apt clean ...
Et maintenant je sais exactement ce qui est stocké dans /var/cache/apt/archives et /var/lib/apt/lists !
Bonne journée.
Dernière modification par iznobe (Le 12/05/2022, à 15:42)
retour COMPLET et utilisable de commande
MSI Z490A-pro , i7 10700 , 32 GB RAM .
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