Erreur de syntaxe près de symbole inattendu "("

Sof_Sof · Le 08/12/2022, à 19:22

Bonjour à tous,

Je suis débutant dans l'utilisation du terminal sous Ubuntu, je dois utiliser un modèle de simulation de bilan carbone pour mon taf et là je galère un peu:

ce que j'ai déjà fait :

- télécharger Biome BGC v 4.2
- compiler en utilisant le fichier make fourni avec l'utilisateur "root" (je n'y arrivais pas autrement)

ce que je souhaite faire : lancer un spin-up run

dans la doc il est indiqué ceci
To run the spinup simulation:
(UNIX) From the unixbgc412 directory, enter the following text at the command line and press enter:
bgc412 ini/enf_test1_spinup.ini

voici ce que je fais et ce qu'il se passe

sof@pc-linuxshop-220711:~$ su administrateur
Mot de passe :
administrateur@pc-linuxshop-220711:/home/sof$ sudo -s
[sudo] Mot de passe de administrateur :
root@pc-linuxshop-220711:/home/sof# cd Documents
root@pc-linuxshop-220711:/home/sof/Documents/biomebgc-4.2# ini/enf_test1_spinup.ini
ini/enf_test1_spinup.ini: ligne 1: erreur de syntaxe près du symbole inattendu « ( »
'ni/enf_test1_spinup.ini: ligne 1: `Biome-BGC v4.1.2 test :(spinup simulation, Missoula, evergreen needleleaf)

Je comprends qu'il y a une erreur de syntaxe dans le fichier enf_test1_spinup.ini mais je ne comprends pas vraiment l'erreur et je vois encore moins comment la corriger.

Comme demandé voici ce que contient le fichier enf_test1_spinup.ini

Biome-BGC v4.1.2 test :(spinup simulation, Missoula, evergreen needleleaf)

MET_INPUT     (keyword) start of meteorology file control block
metdata/miss5093.mtc41  meteorology input filename  
4             (int)     header lines in met file

RESTART       (keyword) start of restart control block
0             (flag)    1 = read restart file     0 = don't read restart file
1             (flag)    1 = write restart file    0 = don't write restart file
1             (flag)    1 = use restart metyear   0 = reset metyear
restart/enf_test1.endpoint    input restart filename
restart/enf_test1.endpoint    output restart filename

TIME_DEFINE   (keyword - do not remove)
44            (int)       number of meteorological data years 
44            (int)       number of simulation years 
1950          (int)       first simulation year
1             (flag)      1 = spinup simulation    0 = normal simulation
6000          (int)       maximum number of spinup years (if spinup simulation)

CLIM_CHANGE   (keyword - do not remove)
0.0           (deg C)   offset for Tmax
0.0           (deg C)   offset for Tmin
1.0           (DIM)     multiplier for Prcp
1.0           (DIM)     multiplier for VPD
1.0           (DIM)     multiplier for shortwave radiation

CO2_CONTROL   (keyword - do not remove)
0             (flag)    0=constant 1=vary with file 2=constant, file for Ndep
294.842       (ppm)     constant atmospheric CO2 concentration
xxxxxxxxxxx   (file)    annual variable CO2 filename

SITE          (keyword) start of site physical constants block
1.0           (m)       effective soil depth (corrected for rock fraction)
30.0          (%)       sand percentage by volume in rock-free soil
50.0          (%)       silt percentage by volume in rock-free soil
20.0          (%)       clay percentage by volume in rock-free soil
977.0         (m)       site elevation
46.8          (degrees) site latitude (- for S.Hem.)
0.2           (DIM)     site shortwave albedo
0.0001        (kgN/m2/yr) wet+dry atmospheric deposition of N
0.0004        (kgN/m2/yr) symbiotic+asymbiotic fixation of N

RAMP_NDEP     (keyword - do not remove) 
0             (flag) do a ramped N-deposition run? 0=no, 1=yes
2099          (int)  reference year for industrial N deposition
0.0001        (kgN/m2/yr) industrial N deposition value

EPC_FILE      (keyword - do not remove)
epc/enf.epc   (file) evergreen needleleaf forest ecophysiological constants

W_STATE       (keyword) start of water state variable initialization block
0.0           (kg/m2)   water stored in snowpack
0.5           (DIM)     initial soil water as a proportion of saturation

C_STATE       (keyword) start of carbon state variable initialization block
0.001         (kgC/m2)  first-year maximum leaf carbon 
0.0           (kgC/m2)  first-year maximum stem carbon
0.0           (kgC/m2)  coarse woody debris carbon
0.0           (kgC/m2)  litter carbon, labile pool
0.0           (kgC/m2)  litter carbon, unshielded cellulose pool 
0.0           (kgC/m2)  litter carbon, shielded cellulose pool
0.0           (kgC/m2)  litter carbon, lignin pool 
0.0           (kgC/m2)  soil carbon, fast microbial recycling pool
0.0           (kgC/m2)  soil carbon, medium microbial recycling pool
0.0           (kgC/m2)  soil carbon, slow microbial recycling pool
0.0           (kgC/m2)  soil carbon, recalcitrant SOM (slowest)

N_STATE       (keyword) start of nitrogen state variable initialization block
0.0           (kgN/m2)  litter nitrogen, labile pool
0.0           (kgN/m2)  soil nitrogen, mineral pool

OUTPUT_CONTROL   (keyword - do not remove)
outputs/enf_test1     (text) prefix for output files
0   (flag)  1 = write daily output   0 = no daily output
0   (flag)  1 = monthly avg of daily variables  0 = no monthly avg
0   (flag)  1 = annual avg of daily variables   0 = no annual avg
0   (flag)  1 = write annual output  0 = no annual output
1   (flag)  for on-screen progress indicator

DAILY_OUTPUT     (keyword)
0     (int) number of daily variables to output

ANNUAL_OUTPUT    (keyword)
0               (int)   number of annual output variables

END_INIT      (keyword) indicates the end of the initialization file

Merci pour les conseils (je débute sur Ubuntu et dans l'utilisation du terminal)

Je vous remercie pour votre attention et pour votre aide.

Cordialement,

Dernière modification par Sof_Sof (Le 08/12/2022, à 20:43)

Watael · Le 08/12/2022, à 19:27

salut,

il faut qu'on puisse lire le fichier enf_test1_spinup.ini

xubu1957 · Le 08/12/2022, à 19:32

Bonjour,

Pour ajouter toi-même les balises code à ton précédent message #1 :

Cliquer sur le lien « Modifier » en bas à droite du message
Sélectionner le texte
Cliquer sur le <> de l'éditeur de message

comme indiqué dans le : Retour utilisable de commande

sof@pc-linuxshop-220711:~$ su administrateur
Mot de passe :
administrateur@pc-linuxshop-220711:/home/sof$ sudo -s
[sudo] Mot de passe de administrateur :
root@pc-linuxshop-220711:/home/sof# cd Documents
root@pc-linuxshop-220711:/home/sof/Documents/biomebgc-4.2# ini/enf_test1_spinup.ini
ini/enf_test1_spinup.ini: ligne 1: erreur de syntaxe près du symbole inattendu « ( »
'ni/enf_test1_spinup.ini: ligne 1: `Biome-BGC v4.1.2 test :(spinup simulation, Missoula, evergreen needleleaf)

Sof_Sof · Le 08/12/2022, à 20:45

Bonjour,

J'ai essayé de modifier mon premier message en insérer le contenu de enf_test1_spinup.ini mais tout le contenu n'apparaît pas dans le message (c'est peut être trop long)

Vous voulez que je fasse un deuxième message avec la fin du code ?

Cordialement,

Watael · Le 08/12/2022, à 20:52

les instructions indiquent de copier et coller dans le terminal la ligne suivante :

bgc412 ini/enf_test1_spinup.ini

le fichier sert de "paramétrage" à la commande bgc412.

Sof_Sof · Le 08/12/2022, à 20:55

quand je fais ça ça ne marche pas.

sof@pc-linuxshop-220711:~$ su administrateur
Mot de passe : 
administrateur@pc-linuxshop-220711:/home/sof$ sudo -s
[sudo] Mot de passe de administrateur : 
root@pc-linuxshop-220711:/home/sof# cd Documents
root@pc-linuxshop-220711:/home/sof/Documents# cd biomebgc-4.2
root@pc-linuxshop-220711:/home/sof/Documents/biomebgc-4.2# bgc412 ini/enf_test1_spinup.ini
bgc412 : commande introuvable

le dossier chez moi s'appelle ini et pas bgc412 ini

(je pense que c'est dû au fait que j'ai la version 4.2 mais qu'il ont laissé le user guide de la version 4.1.2)

Dernière modification par Sof_Sof (Le 08/12/2022, à 20:58)

Watael · Le 08/12/2022, à 21:10

y a-t-il un fichier bgc412 dans le répertoire /home/sof/Documents/biomebgc-4.2, et est-il exécutable ?
alors, étant donné que le chemin de ce répertoire n'est pas dans le PATH, il faut indiquer le répertoire courant (./) :

./bgc412 ini/enf_test1_spinup.ini

Dernière modification par Watael (Le 08/12/2022, à 21:11)

Sof_Sof · Le 08/12/2022, à 21:11

Non il n'y a pas de fichier bgc412 dans le répertoire /home/sof/Documents/biomebgc-4.2

Watael · Le 08/12/2022, à 21:20

il doit bien être quelque part...
comment as-tu installé ce qu'il faut (et quel est ce "ce qu'il faut" ) ?

Sof_Sof · Le 08/12/2022, à 21:24

J'ai télécharger la version 4.2 ici

tu verras qu'il n'y pas de fichier bgc412 puisque il s'agit de la version 4.2 et pas la version 4.1.2

Watael · Le 08/12/2022, à 21:33

ah, mais ça n'a pas encore été compilé !

READ_ME_FIRST.TXT a écrit :

BUILDING ON UNIX or LINUX:
You need an ansi C compiler and 'make'. Go into the src directory,
edit the makefile to suit your platform and compiler. Then type
'make' or 'make test'. The resulting binary, 'bgc' will be placed
in the top level directory.

Sof_Sof · Le 08/12/2022, à 21:34

pourtant il me semble avoir compilé en utilisant le fichier make

Sof_Sof · Le 08/12/2022, à 21:36

et je confirme qu'un fichier bgc s'est installé après avoir compilé

Watael · Le 08/12/2022, à 21:38

question : qu'appellent-ils le "top directory" ?
¿

find $HOME/Documents -type f -name '*bgc*'

?

Tawal · Le 08/12/2022, à 21:39

Hello,

Ouvre un terminal et commence par entrer ces caractères : bgc puis appuie sur la touche [TAB].
Cela auto-complète la commande (ou affiche une liste de commandes possible).

Watael · Le 08/12/2022, à 21:41

à condition que le répertoire où il a été installé soit dans le PATH.

mais à la fin de la compilation, il est dit où est installé bgc, et sous quel nom précisément ?

Sof_Sof · Le 08/12/2022, à 21:42

voilà ce que j'obtiens en tapant bgc puis [TAB]

root@pc-linuxshop-220711:/home/sof/Documents/biomebgc-4.2# bgc 
b                    bgc_users_guide.pdf  co2/                 CREDITS.TXT          example_plot.pro     metdata/             READ_ME_FIRST.TXT    restart_diff         TOOLS.TXT
bgc                  CHANGES.TXT          copyright.txt        epc/                 ini/                 outputs/             restart/             src/                 USAGE.TXT

Watael · Le 08/12/2022, à 21:58

curieux, le développement ne devrait faire apparaître que les fichiers commençant par bgc !

mais, il y a un candidat !

./bgc ini/enf_test1_spinup.ini

ah, mais on va y arriver !

Dernière modification par Watael (Le 08/12/2022, à 22:00)

Sof_Sof · Le 08/12/2022, à 22:00

mais ça ne marche pas

root@pc-linuxshop-220711:/home/sof/Documents/biomebgc-4.2# bgc ini/enf_test1_spinup.ini
La commande « bgc » n'a pas été trouvée, voulez-vous dire :
  commande « gc » du snap genesyscloud-cli (0.2)
  commande « bcc » du deb bcc (0.16.17-3.3)
  commande « bc » du deb bc (1.07.1-3build1)
  commande « gc » du deb graphviz (2.42.2-6)
  commande « xgc » du deb x11-apps (7.7+8build2)
  commande « ugc » du deb bpfcc-tools (0.18.0+ds-2)
  commande « cgc » du deb nvidia-cg-toolkit (3.1.0013-5)
Voir « snap info <nomdusnap> » pour des versions supplémentaires.

Mais j'espère sincèrement qu'on va y arriver

Watael · Le 08/12/2022, à 22:07

attention, j'ai écrit ./ devant bgc

Sof_Sof · Le 08/12/2022, à 22:10

YEESSSSS!!!!! :):):):):):):)

root@pc-linuxshop-220711:/home/sof/Documents/biomebgc-4.2# ./bgc ini/enf_test1_spinup.ini
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Merci beaucoup Watael!!!
je vais pouvoir passer à la suite
(mais du coup ça me confirme que la doc n'est pas très bien écrite)

Dernière modification par Sof_Sof (Le 08/12/2022, à 22:11)

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#1 Le 08/12/2022, à 19:22

Erreur de syntaxe près de symbole inattendu "("

#2 Le 08/12/2022, à 19:27

Re : Erreur de syntaxe près de symbole inattendu "("

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