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#1 Le 17/12/2009, à 00:06
- Bougamoon
Generic Mapping Tools
Bonjour,
Je rencontre des difficultés avec GMT, pour les géologues, cela leurs parlera. Je suis étudiant en géologie et j'utilise Karmic Koala sur mon ordinateur personnel avec GMT 4.5.1.
En TD nous avons écrit des scripts afin de réaliser des MNT (modélisation numérique de terrain) et ceci marchent trés bien sur les ordis de la fac utilisant la LTS 5.01 (je crois mais vraiment pas sûre d'autant plus que c'est la version serveur) de kubuntu et GMT ultérieur (je ne connais pas la version exact,mais si vraiment c'est nécessaire je regarderais demain à la fac).
Bref, mes scripts shell/GMT ne fonctionnent pas chez moi et je ne comprend pas pourquoi. Est ce que des spécialiste de la quesiton pourrait m'aider?
Voici mon script :
#!/bin/bash
# Author = .....
# Création du mnt
GMT surface coord_gps.dat -R3.31631/3.32538/43.7921/43.8042 -I0.00005 -T0.5 -Gmnt_surf.grd=sf
GMT makecpt -Cglobe -T0/700/10 > topo.cpt
GMT grdimage mnt_surf.grd -R3.31631/3.32538/43.7921/43.8042 -JM15c -Ctopo.cpt -B0.001 -P > fichier.ps
okular fichier.ps
GMT triangulate coord_gps.dat -R3.31631/3.32538/43.7921/43.8042 -I0.0001 -Gmnt_tri.grd=sf
GMT grdimage mnt_tri.grd -R3.31631/3.32538/43.7921/43.8042 -JM15c -Ctopo.cpt -B0.001 -P > fichier2.ps
okular fichier2.ps
GMT project -C3.318/43.8 -E3.318/43.79 -G0.01 -Q -V > great_circle_points.tmp
GMT grdtrack great_circle_points.tmp -Gmnt_surf.grd | grep -v NaN | awk '{print$3,$4}' > coupe.xyz
GMT psxy coupe.xyz -JX12c/3c -R0/0.8/200/500 -B0.1/100 -P -K > tmp.ps
GMT grdtrack great_circle_points.tmp -Gprovence_srtm_90.grd | grep -v NaN | awk '{print$3,$4}' > coupe.xyz
GMT psxy coupe.xyz -JX12c/3c -W2/255/0/0 -R0/0.8/200/500 -B0.1/100 -P -O -Ba...:"long"/a...:"alt" >> tmp.ps
okular tmp.psEt voilà le message d'erreur que j'obtiens dans le terminal en lançant mon script :
aporie@laptop-pro:~/Modèles/Information_Géographique/Pégairolles_34/MNT$ ./MNT
*** buffer overflow detected ***: /usr/lib/gmt/bin/surface terminated
======= Backtrace: =========
/lib/tls/i686/cmov/libc.so.6(__fortify_fail+0x48)[0x2c9de8]
/lib/tls/i686/cmov/libc.so.6[0x2c8e20]
/lib/tls/i686/cmov/libc.so.6(__strcpy_chk+0x44)[0x2c8194]
/usr/lib/libgmt.so.4(GMT_srf_write_grd+0x316)[0x800b86]
/usr/lib/libgmt.so.4(GMT_write_grd+0x100)[0x808780]
/usr/lib/gmt/bin/surface[0x804cd3f]
/usr/lib/gmt/bin/surface[0x804ef2c]
/lib/tls/i686/cmov/libc.so.6(__libc_start_main+0xe6)[0x1ffb56]
/usr/lib/gmt/bin/surface[0x8048f71]
======= Memory map: ========
00110000-00134000 r-xp 00000000 08:05 6272 /lib/tls/i686/cmov/libm-2.10.1.so
00134000-00135000 r--p 00023000 08:05 6272 /lib/tls/i686/cmov/libm-2.10.1.so
00135000-00136000 rw-p 00024000 08:05 6272 /lib/tls/i686/cmov/libm-2.10.1.so
001e8000-001e9000 r-xp 00000000 00:00 0 [vdso]
001e9000-00327000 r-xp 00000000 08:05 2510 /lib/tls/i686/cmov/libc-2.10.1.so
00327000-00329000 r--p 0013e000 08:05 2510 /lib/tls/i686/cmov/libc-2.10.1.so
00329000-0032a000 rw-p 00140000 08:05 2510 /lib/tls/i686/cmov/libc-2.10.1.so
0032a000-0032d000 rw-p 00000000 00:00 0
003ec000-00408000 r-xp 00000000 08:05 6033 /lib/libgcc_s.so.1
00408000-00409000 r--p 0001b000 08:05 6033 /lib/libgcc_s.so.1
00409000-0040a000 rw-p 0001c000 08:05 6033 /lib/libgcc_s.so.1
007e5000-00894000 r-xp 00000000 08:05 73865 /usr/lib/libgmt.so.4
00894000-00895000 r--p 000ae000 08:05 73865 /usr/lib/libgmt.so.4
00895000-008b8000 rw-p 000af000 08:05 73865 /usr/lib/libgmt.so.4
008b8000-008f1000 rw-p 00000000 00:00 0
00d35000-00d50000 r-xp 00000000 08:05 20745 /lib/ld-2.10.1.so
00d50000-00d51000 r--p 0001a000 08:05 20745 /lib/ld-2.10.1.so
00d51000-00d52000 rw-p 0001b000 08:05 20745 /lib/ld-2.10.1.so
00f7f000-00fb1000 r-xp 00000000 08:05 33413 /usr/lib/libnetcdf.so.4.0.0
00fb1000-00fb2000 r--p 00031000 08:05 33413 /usr/lib/libnetcdf.so.4.0.0
00fb2000-00fb3000 rw-p 00032000 08:05 33413 /usr/lib/libnetcdf.so.4.0.0
00fb3000-00fb4000 rw-p 00000000 00:00 0
08048000-08051000 r-xp 00000000 08:05 73950 /usr/lib/gmt/bin/surface
08051000-08052000 r--p 00008000 08:05 73950 /usr/lib/gmt/bin/surface
08052000-08053000 rw-p 00009000 08:05 73950 /usr/lib/gmt/bin/surface
09b68000-09be1000 rw-p 00000000 00:00 0 [heap]
b77fa000-b7829000 rw-p 00000000 00:00 0
b783d000-b783f000 rw-p 00000000 00:00 0
bff5c000-bff71000 rw-p 00000000 00:00 0 [stack]
./MNT: line 5: 3199 Abandon GMT surface coord_gps.dat -R3.31631/3.32538/43.7921/43.8042 -I0.00005 -T0.5 -Gmnt_surf.grd=sf
grdimage: posixio.c:412: px_get: Assertion `extent != 0' failed.
./MNT: line 7: 3201 Abandon GMT grdimage mnt_surf.grd -R3.31631/3.32538/43.7921/43.8042 -JM15c -Ctopo.cpt -B0.001 -P > fichier.ps
Warning: empty file.
*** buffer overflow detected ***: /usr/lib/gmt/bin/triangulate terminated
======= Backtrace: =========
/lib/tls/i686/cmov/libc.so.6(__fortify_fail+0x48)[0x1f0de8]
/lib/tls/i686/cmov/libc.so.6[0x1efe20]
/lib/tls/i686/cmov/libc.so.6(__strcpy_chk+0x44)[0x1ef194]
/usr/lib/libgmt.so.4(GMT_srf_write_grd+0x316)[0x52cb86]
/usr/lib/libgmt.so.4(GMT_write_grd+0x100)[0x534780]
/usr/lib/gmt/bin/triangulate[0x804ab3f]
/lib/tls/i686/cmov/libc.so.6(__libc_start_main+0xe6)[0x126b56]
/usr/lib/gmt/bin/triangulate[0x8048dd1]
======= Memory map: ========
00110000-0024e000 r-xp 00000000 08:05 2510 /lib/tls/i686/cmov/libc-2.10.1.so
0024e000-00250000 r--p 0013e000 08:05 2510 /lib/tls/i686/cmov/libc-2.10.1.so
00250000-00251000 rw-p 00140000 08:05 2510 /lib/tls/i686/cmov/libc-2.10.1.so
00251000-00254000 rw-p 00000000 00:00 0
00254000-00270000 r-xp 00000000 08:05 6033 /lib/libgcc_s.so.1
00270000-00271000 r--p 0001b000 08:05 6033 /lib/libgcc_s.so.1
00271000-00272000 rw-p 0001c000 08:05 6033 /lib/libgcc_s.so.1
00511000-005c0000 r-xp 00000000 08:05 73865 /usr/lib/libgmt.so.4
005c0000-005c1000 r--p 000ae000 08:05 73865 /usr/lib/libgmt.so.4
005c1000-005e4000 rw-p 000af000 08:05 73865 /usr/lib/libgmt.so.4
005e4000-0061d000 rw-p 00000000 00:00 0
00b3e000-00b62000 r-xp 00000000 08:05 6272 /lib/tls/i686/cmov/libm-2.10.1.so
00b62000-00b63000 r--p 00023000 08:05 6272 /lib/tls/i686/cmov/libm-2.10.1.so
00b63000-00b64000 rw-p 00024000 08:05 6272 /lib/tls/i686/cmov/libm-2.10.1.so
00c73000-00ca5000 r-xp 00000000 08:05 33413 /usr/lib/libnetcdf.so.4.0.0
00ca5000-00ca6000 r--p 00031000 08:05 33413 /usr/lib/libnetcdf.so.4.0.0
00ca6000-00ca7000 rw-p 00032000 08:05 33413 /usr/lib/libnetcdf.so.4.0.0
00ca7000-00ca8000 rw-p 00000000 00:00 0
00dea000-00e05000 r-xp 00000000 08:05 20745 /lib/ld-2.10.1.so
00e05000-00e06000 r--p 0001a000 08:05 20745 /lib/ld-2.10.1.so
00e06000-00e07000 rw-p 0001b000 08:05 20745 /lib/ld-2.10.1.so
00e15000-00e16000 r-xp 00000000 00:00 0 [vdso]
08048000-0804c000 r-xp 00000000 08:05 73953 /usr/lib/gmt/bin/triangulate
0804c000-0804d000 r--p 00003000 08:05 73953 /usr/lib/gmt/bin/triangulate
0804d000-0804e000 rw-p 00004000 08:05 73953 /usr/lib/gmt/bin/triangulate
09fc3000-0a078000 rw-p 00000000 00:00 0 [heap]
b771f000-b7751000 rw-p 00000000 00:00 0
b7818000-b7829000 rw-p 00000000 00:00 0
b7839000-b783b000 rw-p 00000000 00:00 0
b784f000-b7851000 rw-p 00000000 00:00 0
bf8b4000-bf8c9000 rw-p 00000000 00:00 0 [stack]
./MNT: line 10: 3204 Abandon GMT triangulate coord_gps.dat -R3.31631/3.32538/43.7921/43.8042 -I0.0001 -Gmnt_tri.grd=sf
grdimage: posixio.c:412: px_get: Assertion `extent != 0' failed.
./MNT: line 11: 3205 Abandon GMT grdimage mnt_tri.grd -R3.31631/3.32538/43.7921/43.8042 -JM15c -Ctopo.cpt -B0.001 -P > fichier2.ps
Warning: empty file.
project: 0 read, 0 used
grdtrack: posixio.c:412: px_get: Assertion `extent != 0' failed.
psxy: Warning: Axis sub-item a set more than once (typo?)Serais-ce un probléme due à une mauvaise installation de GMT? Pourtant j'avais fait un test avec la commande pscoast et j'ai réussi à faire une carte rapido.
Merci beaucoup aux érudis de GMT de me renseigner.
Hors ligne
#2 Le 17/12/2009, à 20:00
- Bougamoon
Re : Generic Mapping Tools
up 
51 vues et personne qui a une pitite idée 
Dernière modification par Bougamoon (Le 17/12/2009, à 20:02)
Hors ligne
#3 Le 18/12/2009, à 12:16
- Bougamoon
Re : Generic Mapping Tools
Bonjour,
Je vous apporte quelques informations complémentaires. Pour faire fonctionner GMT, normalement, il faut le lancer dans chaque terminal qu'on ouvre. Pour ne pas avoir à faire cette manipulation à chaque fois,j'ai modifier mon fichier "bash.bashrc" pour qu'il le lance automatiquement à chaque ouverture de terminal.
Le probléme est que j'obtiens plein d'erreur en lançant mon bash.bashrc est ce normal?
aporie@laptop-pro:/etc$ sudo kate bash.bashrc
Error: "/var/tmp/kdecache-aporie" is owned by uid 1000 instead of uid 0.
Error: "/tmp/kde-aporie" is owned by uid 1000 instead of uid 0.
Error: "/tmp/kde-aporie" is owned by uid 1000 instead of uid 0.
Error: "/tmp/ksocket-aporie" is owned by uid 1000 instead of uid 0.
kdeinit4: Shutting down running client.
kdeinit4: preparing to launch /usr/lib/libkdeinit4_klauncher.so
Error: "/tmp/ksocket-aporie" is owned by uid 1000 instead of uid 0.
Error: "/tmp/kde-aporie" is owned by uid 1000 instead of uid 0.
kdeinit4: preparing to launch /usr/lib/libkdeinit4_kded4.so
Error: "/var/tmp/kdecache-aporie" is owned by uid 1000 instead of uid 0.
Error: "/tmp/kde-aporie" is owned by uid 1000 instead of uid 0.
kdeinit4: preparing to launch /usr/lib/libkdeinit4_kbuildsycoca4.so
kbuildsycoca4 running...
Error: "/var/tmp/kdecache-aporie" is owned by uid 1000 instead of uid 0.
kdeinit4: preparing to launch /usr/lib/libkdeinit4_kbuildsycoca4.so
kbuildsycoca4 running...
Error: "/var/tmp/kdecache-aporie" is owned by uid 1000 instead of uid 0.
Error: "/var/tmp/kdecache-aporie" is owned by uid 1000 instead of uid 0.
kdeinit4: preparing to launch /usr/lib/libkdeinit4_kconf_update.so
Error: "/tmp/ksocket-aporie" is owned by uid 1000 instead of uid 0.
kdeinit4: preparing to launch /usr/lib/kde4/kio_file.soLes lignes que j'ai rajoutés sont celles-ci :
NETCDFHOME=/usr/lib/gmt/bin
GMTHOME=/usr/share/gmt
PATH=$PATH:/usr/share/gmt/bin/
MANPATH=$MANPATH:/usr/share/gmt/man/
LD_LIBRARY_PATH=/usr/share/gmt/netcdf-3.6.2/lib
export NETCDFHOME GMTHOME PATH MANPATH LD_LIBRARY_PATHHors ligne
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