impossible ouvrir fichier avec pymol (natty)

O'Doc · Le 15/07/2011, à 10:40

Bonjour,
depuis que je suis passé sous natty, je n'arrive plus à utiliser pymol :
voilà le message d'erreur qu'il me donne quand j'essaye d'ouvrir un fichier pdb :

Error: 1
<type 'exceptions.UnicodeEncodeError'> Exception in Tk callback
  Function: <bound method Normal.file_open of <pmg_tk.skins.normal.Normal instance at 0x3e57878>> (type: <type 'instancemethod'>)
  Args: ()
Traceback (innermost last):
  File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/Pmw/Pmw_1_3/lib/PmwBase.py", line 1747, in __call__
    return apply(self.func, args)
  File "/usr/lib/pymodules/python2.7/pmg_tk/skins/normal/__init__.py", line 546, in file_open
    print "Error: unable to open file '%s'"%ofile
<type 'exceptions.UnicodeEncodeError'>: 'ascii' codec can't encode character u'\xe9' in position 41: ordinal not in range(128)

J'ai vraiment besoin de ce logiciel, donc si vous avez une idée (autre que changer de version d'ubuntu), je suis preneur (sinon j'aurais pas d'autre choix que de changer de version :s)

O'Doc · Le 16/07/2011, à 09:18

up

O'Doc · Le 16/07/2011, à 15:53

Bon, alors si je fais clic droit>ouvrir avec pymol, j'arrive à ouvrir un fichier pdb.
Le problème est qu'il met impossible d'ouvrir plusieurs fichier pdb dans la même fenêtre pymol, ce qui est assez génant.

compte supprimé · Le 17/07/2011, à 18:01

Salut !
La question est : pourquoi utiliser pymol et non pas avogadro ou rasmol ?

O'Doc · Le 18/07/2011, à 08:39

monsieurweller a écrit :

Salut !
La question est : pourquoi utiliser pymol et non pas avogadro ou rasmol ?

Par ce que je travail dessus à la fac, tout comme mon maître de stage (du coup c'est plus facile pour apprendre à s'en servir), après si ces 2 logi permettent de faire la même chose sans demander trop de temps d'adaptation (par vraiment le temps de me mettre à un nouveau logi), pourquoi pas.

Je les connaissais pas, donc je vais voir se que sa donne.

Edit : Avogadro refuse de s'installer (archive indisponible apparemment), qu'en à rasmol, l'obligation de zoomer en ligne de commande n'est absolument pas pratique :s

Dernière modification par O'Doc (Le 18/07/2011, à 09:02)

compte supprimé · Le 18/07/2011, à 09:08

Python2.6 est installé ?

O'Doc · Le 19/07/2011, à 08:03

non, python 2.7.
si j'installe le 2.6 et que je le met par défaut, j'ai un tas de problème avec différent logiciel (dont la logithèque)

compte supprimé · Le 19/07/2011, à 09:58

En tout cas, j'ai testé chez moi, sous python 2.6, ça marche sans problème.

compte supprimé · Le 19/07/2011, à 12:31

Mais tu ne peux pas installer python2.6 et forcer l'app à utiliser ce python ?

O'Doc · Le 19/07/2011, à 16:36

monsieurweller a écrit :

Mais tu ne peux pas installer python2.6 et forcer l'app à utiliser ce python ?

j'aimerais bien, mais je sais pas comment faire pour que pymol utilise une autre version de python que celle par défaut, une idée ?

compte supprimé · Le 19/07/2011, à 18:24

Déjà, il faut vérifier que python2.6 soit aussi installé.
Ensuite, il y a quoi dans ton fichier /usr/bin/pymol ? Il semble que ce dernier utilises déjà python2.6 par ce launcher (chez moi, ligne export PYMOL_PATH=`python2.6 -c ...)

compte supprimé · Le 19/07/2011, à 18:43

Ah mais je suis idiot : je suis sous maverick, ceci expliquant cela.
Visiblement, ils ont évolués la version de python, sans modifier le paquet de pymol.

Pire : la version de pymol dispo dans les dépôts est antédiluvienne.

Il serait bien de mettre un rapport de bug sur launchpad à ce propos.

En tout cas, plutôt que de te faire chier avec python, désinstalle pymol, et compile la dernière version :
http://sourceforge.net/projects/pymol/f … 2/download

O'Doc · Le 21/07/2011, à 14:13

ok, merci bien, je vais essayer tt sa

O'Doc · Le 22/07/2011, à 15:32

impossible de compilé, le ./configure se passe bien (après installation des différentes dépendances manquante), mais pas le make install

/usr/include/python2.7/pyconfig.h:1155:0: warning: "_POSIX_C_SOURCE" redefined
/usr/include/features.h:214:0: note: this is the location of the previous definition
Scene.c: In function ‘SceneClick’:
Scene.c:4565:11: internal compiler error: in set_jump_prob, at stmt.c:2319
Please submit a full bug report,
with preprocessed source if appropriate.
See <file:///usr/share/doc/gcc-4.5/README.Bugs> for instructions.
make[1]: *** [Scene.lo] Erreur 1
make[1]: quittant le répertoire « /home/doc/Téléchargements/pymol/layer1 »
make: *** [install-recursive] Erreur 1

voilà ce que j'obtiens comme erreur :s

compte supprimé · Le 22/07/2011, à 16:49

le make, ou le make install ?

Si c'est le make install le problème, pas trop grave car les execs seraient déjà compiler : tu pourrais les exécuter du dossier ou tu as compilé l'app.

Si c'est le make, par contre... Bah le warning vient de python2.7, c'est tout ce que je peux dire.

O'Doc · Le 25/07/2011, à 08:39

oui pardon, c'est lors du make, seul le ./configure fonctionne
donc pour le moment, je vais laisser tombé et réinstaller maverick
(le pire avec pymol c'est qu'il y a également un blem avec la version windows car elle n'est plus maintenu (enfin la version gratuite) (ou alors elle est bridée, je sais plus trop)
c'est vraiment dommage tt sa ...
(enfin si qq' arrive à le compiler avec python 2.7 en 64 voir 32 bit, et qu'il passe par là, je suis preneur)
sinon, encore merci du coup de main monsieurweller.

compte supprimé · Le 25/07/2011, à 10:34

Je promet rien mais j'essaierais de voir mercredi sur un pc fixe tournant avec natty 64bit.

O'Doc · Le 26/07/2011, à 08:21

ok, merci

compte supprimé · Le 27/07/2011, à 18:18

Donc j'ai testé sous ubuntu 11.04 natty 64bit : ça marche sans problème.
Le terminal renvoie pas de bugs :

 PyMOL(TM) Molecular Graphics System, Version 1.2r2.
 Copyright (C) 2009 by DeLano Scientific LLC.
 All Rights Reserved.
 
    Created by Warren L. DeLano, Ph.D. 
 
    PyMOL is user-supported open-source software.  Although some versions
    are freely available, PyMOL is not in the public domain.
 
    If PyMOL is helpful in your work or study, then please volunteer 
    support for our ongoing efforts to create open and affordable scientific
    software by purchasing a PyMOL Maintenance and/or Support subscription.

    More information can be found at "http://www.pymol.org".
 
    Enter "help" for a list of commands.
    Enter "help <command-name>" for information on a specific command.

 Hit ESC anytime to toggle between text and graphics.

 OpenGL graphics engine:
  GL_VENDOR: Tungsten Graphics, Inc
  GL_RENDERER: Mesa DRI Intel(R) Ironlake Mobile GEM 20100330 DEVELOPMENT 
  GL_VERSION: 2.1 Mesa 7.10.2
 Detected 4 CPU cores.  Enabled multithreaded rendering.
 PyMOL: abrupt program termination.

Version de python : 2.7.1

greenvg · Le 30/08/2011, à 09:18

Bonjour,
je tombe sur ce fil qui m'intéresse. J'ai essayé de compilé avec les python-dev 2.6 qui sont dans les dépôts mais le make plante.
@monsieurweller : as-tu réussi à compilé pymol avec python 2.7.1 avec pymol svn ou bien avec une version stable de pymol ?

compte supprimé · Le 02/09/2011, à 08:09

greenvg a écrit :

Bonjour,
je tombe sur ce fil qui m'intéresse. J'ai essayé de compilé avec les python-dev 2.6 qui sont dans les dépôts mais le make plante.
@monsieurweller : as-tu réussi à compilé pymol avec python 2.7.1 avec pymol svn ou bien avec une version stable de pymol ?

J'ai simplement installé le pymol des dépôts.

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