Ubuntu-fr

moreje

Medcon

bonjour,
j'essaye d'utiliser medcon pour convertir des images DICOM vers ECAT (je sais c'est un peu spécialisé)

La version fournie pour ubuntu 0.10.7 me sort: Writing: ECAT7 Writing not yet supported

alors que la doc dit que le format est supporté à partir de cette version...

soit...

j'ai donc téléchargé les sources de  la dernière version disponible (0.11.0)
suivi le tuto de compilation (configure, make, install)
mais maintenant, j'ai un buffer overrun!

quelqu'un peut m'aider?
Merci
JR

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nesthib

Re : Medcon

Sans plus de précisions sur l'erreur il va être difficile de faire quoi que ce soit pour t'aider…

Autrement as-tu essayé d'autres logiciels spécialisés ? Je pense en particulier à l'excellent logiciel ImageJ qui supporte a priori le format DICOM.

Je ne les connais pas mais une brève recherche révèle aussi les programmes AMIDE (dans les dépôts Ubuntu) qui lit DICOM+ECAT et IMLook4D qui lit et écrit les deux formats.

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moreje

Re : Medcon

Bonjour,
ImageJ ne semble pas compatible avec le format ECAT.
Amide, j'avais essayé, mais je n'arrive pas à y charger ma série dynamique (35 volumes DICOM dans 1 fichier), et de toutes façons, ce programme utilise les routines de Medcon.
et enfin, IMLook4D pourrait etre pas mal, mais il faut Matlab, et c'est sous Windows.

Pour ce qui concerne mon erreur, voici ce que ça donne:

$ /usr/local/xmedcon/bin/medcon -qc -c ecat7 -stack3d -f PT-0009-0001.dcm PT-0009-0002.dcm 
*** buffer overflow detected ***: /usr/local/xmedcon/bin/medcon terminated
======= Backtrace: =========
/lib/x86_64-linux-gnu/libc.so.6(__fortify_fail+0x37)[0x7faa7ccbd007]
/lib/x86_64-linux-gnu/libc.so.6(+0x107f00)[0x7faa7ccbbf00]
/lib/x86_64-linux-gnu/libc.so.6(+0x107369)[0x7faa7ccbb369]
/lib/x86_64-linux-gnu/libc.so.6(_IO_default_xsputn+0xdd)[0x7faa7cc2fbcd]
/lib/x86_64-linux-gnu/libc.so.6(_IO_vfprintf+0x256e)[0x7faa7cbfdbee]
/lib/x86_64-linux-gnu/libc.so.6(__vsprintf_chk+0x94)[0x7faa7ccbb404]
/lib/x86_64-linux-gnu/libc.so.6(__sprintf_chk+0x7d)[0x7faa7ccbb34d]
/usr/local/xmedcon/lib/libmdc.so.2(MdcFillMainHeader+0xc3)[0x7faa7cfd56d3]
/usr/local/xmedcon/lib/libmdc.so.2(MdcWriteECAT7+0x19b)[0x7faa7cfd9cfb]
/usr/local/xmedcon/lib/libmdc.so.2(MdcWriteFile+0x178)[0x7faa7cfa0728]
/usr/local/xmedcon/lib/libmdc.so.2(MdcStackSlices+0x592)[0x7faa7cfa3812]
/usr/local/xmedcon/bin/medcon[0x40155e]
/lib/x86_64-linux-gnu/libc.so.6(__libc_start_main+0xed)[0x7faa7cbd576d]
/usr/local/xmedcon/bin/medcon[0x4016f5]
======= Memory map: ========
00400000-00402000 r-xp 00000000 08:01 270513                             /usr/local/xmedcon/bin/medcon
00601000-00602000 r--p 00001000 08:01 270513                             /usr/local/xmedcon/bin/medcon
00602000-00603000 rw-p 00002000 08:01 270513                             /usr/local/xmedcon/bin/medcon
00603000-00616000 rw-p 00000000 00:00 0 
022ac000-022cd000 rw-p 00000000 00:00 0                                  [heap]
7faa7b90e000-7faa7b923000 r-xp 00000000 08:01 397666                     /lib/x86_64-linux-gnu/libgcc_s.so.1
7faa7b923000-7faa7bb22000 ---p 00015000 08:01 397666                     /lib/x86_64-linux-gnu/libgcc_s.so.1
7faa7bb22000-7faa7bb23000 r--p 00014000 08:01 397666                     /lib/x86_64-linux-gnu/libgcc_s.so.1
7faa7bb23000-7faa7bb24000 rw-p 00015000 08:01 397666                     /lib/x86_64-linux-gnu/libgcc_s.so.1
7faa7bb24000-7faa7bb2b000 r-xp 00000000 08:01 397731                     /lib/x86_64-linux-gnu/librt-2.15.so
7faa7bb2b000-7faa7bd2a000 ---p 00007000 08:01 397731                     /lib/x86_64-linux-gnu/librt-2.15.so
7faa7bd2a000-7faa7bd2b000 r--p 00006000 08:01 397731                     /lib/x86_64-linux-gnu/librt-2.15.so
7faa7bd2b000-7faa7bd2c000 rw-p 00007000 08:01 397731                     /lib/x86_64-linux-gnu/librt-2.15.so
7faa7bd2c000-7faa7bd44000 r-xp 00000000 08:01 397725                     /lib/x86_64-linux-gnu/libpthread-2.15.so
7faa7bd44000-7faa7bf43000 ---p 00018000 08:01 397725                     /lib/x86_64-linux-gnu/libpthread-2.15.so
7faa7bf43000-7faa7bf44000 r--p 00017000 08:01 397725                     /lib/x86_64-linux-gnu/libpthread-2.15.so
7faa7bf44000-7faa7bf45000 rw-p 00018000 08:01 397725                     /lib/x86_64-linux-gnu/libpthread-2.15.so
7faa7bf45000-7faa7bf49000 rw-p 00000000 00:00 0 
7faa7bf49000-7faa7bf85000 r-xp 00000000 08:01 397718                     /lib/x86_64-linux-gnu/libpcre.so.3.12.1
7faa7bf85000-7faa7c184000 ---p 0003c000 08:01 397718                     /lib/x86_64-linux-gnu/libpcre.so.3.12.1
7faa7c184000-7faa7c185000 r--p 0003b000 08:01 397718                     /lib/x86_64-linux-gnu/libpcre.so.3.12.1
7faa7c185000-7faa7c186000 rw-p 0003c000 08:01 397718                     /lib/x86_64-linux-gnu/libpcre.so.3.12.1
7faa7c186000-7faa7c278000 r-xp 00000000 08:01 397670                     /lib/x86_64-linux-gnu/libglib-2.0.so.0.3200.1
7faa7c278000-7faa7c478000 ---p 000f2000 08:01 397670                     /lib/x86_64-linux-gnu/libglib-2.0.so.0.3200.1
7faa7c478000-7faa7c479000 r--p 000f2000 08:01 397670                     /lib/x86_64-linux-gnu/libglib-2.0.so.0.3200.1
7faa7c479000-7faa7c47a000 rw-p 000f3000 08:01 397670                     /lib/x86_64-linux-gnu/libglib-2.0.so.0.3200.1
7faa7c47a000-7faa7c47b000 rw-p 00000000 00:00 0 
7faa7c47b000-7faa7c491000 r-xp 00000000 08:01 397756                     /lib/x86_64-linux-gnu/libz.so.1.2.3.4
7faa7c491000-7faa7c690000 ---p 00016000 08:01 397756                     /lib/x86_64-linux-gnu/libz.so.1.2.3.4
7faa7c690000-7faa7c691000 r--p 00015000 08:01 397756                     /lib/x86_64-linux-gnu/libz.so.1.2.3.4
7faa7c691000-7faa7c692000 rw-p 00016000 08:01 397756                     /lib/x86_64-linux-gnu/libz.so.1.2.3.4
7faa7c692000-7faa7c6b8000 r-xp 00000000 08:01 397722                     /lib/x86_64-linux-gnu/libpng12.so.0.46.0
7faa7c6b8000-7faa7c8b8000 ---p 00026000 08:01 397722                     /lib/x86_64-linux-gnu/libpng12.so.0.46.0
7faa7c8b8000-7faa7c8b9000 r--p 00026000 08:01 397722                     /lib/x86_64-linux-gnu/libpng12.so.0.46.0
7faa7c8b9000-7faa7c8ba000 rw-p 00027000 08:01 397722                     /lib/x86_64-linux-gnu/libpng12.so.0.46.0
7faa7c8ba000-7faa7c9b3000 r-xp 00000000 08:01 397677                     /lib/x86_64-linux-gnu/libm-2.15.so
7faa7c9b3000-7faa7cbb2000 ---p 000f9000 08:01 397677                     /lib/x86_64-linux-gnu/libm-2.15.so
7faa7cbb2000-7faa7cbb3000 r--p 000f8000 08:01 397677                     /lib/x86_64-linux-gnu/libm-2.15.so
7faa7cbb3000-7faa7cbb4000 rw-p 000f9000 08:01 397677                     /lib/x86_64-linux-gnu/libm-2.15.so
7faa7cbb4000-7faa7cd67000 r-xp 00000000 08:01 397645                     /lib/x86_64-linux-gnu/libc-2.15.so
7faa7cd67000-7faa7cf66000 ---p 001b3000 08:01 397645                     /lib/x86_64-linux-gnu/libc-2.15.so
7faa7cf66000-7faa7cf6a000 r--p 001b2000 08:01 397645                     /lib/x86_64-linux-gnu/libc-2.15.so
7faa7cf6a000-7faa7cf6c000 rw-p 001b6000 08:01 397645                     /lib/x86_64-linux-gnu/libc-2.15.so
7faa7cf6c000-7faa7cf71000 rw-p 00000000 00:00 0 
7faa7cf71000-7faa7d043000 r-xp 00000000 08:01 265510                     /usr/local/xmedcon/lib/libmdc.so.2.0.1
7faa7d043000-7faa7d243000 ---p 000d2000 08:01 265510                     /usr/local/xmedcon/lib/libmdc.so.2.0.1
7faa7d243000-7faa7d244000 r--p 000d2000 08:01 265510                     /usr/local/xmedcon/lib/libmdc.so.2.0.1
7faa7d244000-7faa7d260000 rw-p 000d3000 08:01 265510                     /usr/local/xmedcon/lib/libmdc.so.2.0.1
7faa7d260000-7faa7d2c5000 rw-p 00000000 00:00 0 
7faa7d2c5000-7faa7d2e7000 r-xp 00000000 08:01 397625                     /lib/x86_64-linux-gnu/ld-2.15.so
7faa7d4ca000-7faa7d4d0000 rw-p 00000000 00:00 0 
7faa7d4e4000-7faa7d4e7000 rw-p 00000000 00:00 0 
7faa7d4e7000-7faa7d4e8000 r--p 00022000 08:01 397625                     /lib/x86_64-linux-gnu/ld-2.15.so
7faa7d4e8000-7faa7d4ea000 rw-p 00023000 08:01 397625                     /lib/x86_64-linux-gnu/ld-2.15.so
7fffa68ed000-7fffa690e000 rw-p 00000000 00:00 0                          [stack]
7fffa69ff000-7fffa6a00000 r-xp 00000000 00:00 0                          [vdso]
ffffffffff600000-ffffffffff601000 r-xp 00000000 00:00 0                  [vsyscall]
Abandon (core dumped)

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nesthib

Re : Medcon

Je t'avoue que je n'ai pas spécialement d'idée… mais tu peux signaler le bug à l'auteur (enlf[at]users.sourceforge.net) ou sur lauchpad (je n'ai pas trouvé la page de medcon, mais voici celle de xmedcon https://launchpad.net/ubuntu/+source/xmedcon) en joignant une copie du message d'erreur

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